猪肠道病毒感染不产生特异性的病理变化。繁殖障碍型表现为死胎的皮下和肠系膜，特别是大肠的肠系膜水肿，胸腔和心包积液，在脑膜和肾皮质有小出血点；偶尔在脑干可见轻度胶质细胞增生和血管周围袖套。脑脊髓灰质炎除慢性病例有肌肉萎缩外，其他无眼观变化。组织学变化在中枢神经系统有广泛分布，以脊髓腹侧、小脑皮质和脑干最为显著，表现为神经元进行性弥漫性染色质溶解，胶质细胞局灶性增生和血管周围袖套。肺炎病变主要在前叶腹侧，有灰红色实变，肺泡及气管内有渗出液。因心脏病突然死亡的病猪多无可见病变。慢性病例（血清Ⅲ型）则可引起浆液性纤维素性心包炎，或心肌局灶性坏死。SMEDI综合征在死胎或新生仔猪无特异病变，偶而在脑干可见轻微的局灶性神经胶质细胞增生和血管周套。
