德川氏的幕府政权成立之后，摆在德川家康和继任将军面前的最重要的事情是如何确保新建立的幕府政权能够长久存续下去，而不是像织田氏和丰臣氏那样仅仅成为短暂的过客。
为了确保德川家族的至高无上的地位，德川氏将军们想方设法将他们的权威凌驾于其他社会中坚分子——君主、朝臣、佛教僧侣和大名之上，而他们的合作对于新生政权的生存非常关键。
紧紧把握财富的分配权
战场上的不断胜利不但促进了德川氏征服日本的进程，还使德川家康得以没收反对者的财产。在江户幕府建立前夕，德川家康已经积累了大量的财富。到第三代将军，即德川家光时期，德川家族已经拥有全日本约四分之一的农田。在这一点上，江户幕府汲取了室町幕府的教训，作为军事霸主，必须要积累足够的财富用于赏赐对自己忠诚和尽心尽力的下属，这样才能换得更多的武士团体的追随。
所有跟随德川氏征服脚步，或者至少对幕府宣誓效忠的大名和武士，都能得到应有的赏赐。幕府想借此向天下宣扬一个理念，幕府对于任何一个合作者，在财富面前，绝不会有半点吝啬。而对于那些对幕府怀有敌意的势力，幕府则对其财富予以强制剥夺。也正是靠着这样的操作，德川氏不但把自己的意志转化为国家行为，从而获得了大多数地方势力的臣服，还积累了大量的财富。
所获取的财富也有助于德川氏将军们握紧权力。属于将军的土地里的水稻年产量总计约为六百八十万石(“石”为古代东亚地区的计量单位，一石未去壳的稻谷可供一个成年男子吃上一年)。幕府依靠根据田地产量征收的税收维持运转，每年发放俸禄给大约22000名幕府官员（包括5000名旗本和17000多名御家人），他们负责替将军监督成千上万个下级武士。同时，幕府官员还直接管理重要城市和港口，如长崎和大阪，他们也掌管用来为国家铸币的金、银、铜矿等资源。
德川家康和继任将军们十分清楚，这些财富表面上属于幕府，但实际上将军只不过是财富的管理者。幕府要想长久存续下去，就必须懂得财富取之于天下，用之于天下的道理。
对京都皇室的进行管控
虽然京都的崇高地位在漫长的“战国时期”遭受重创，但是半神半人的天皇依然是政权正统的源头。德川氏将军领悟到，他们可以通过让皇室及其贵族的声望重现光彩来提高自己的声望。毕竟只有天皇才能任命将军，才能赋予幕府统治的合法性。在这样的基础上，通过合适的诱导，可以进一步巩固幕府的统治。
为了达到这一目的，德川幕府派人到京都重新修建了已被长期忽略的宫室大厦，并且划拨给皇室、朝臣可以维持生计的领地。这些举动既让皇室和贵族们感到意外，又有些受宠若惊。自“应仁之乱”发生后的一百多年间，皇室和朝臣们完全处于自生自灭的境地，他们的财产和人身安全完全没有保障。而这一切，从德川氏的江户幕府建立开始扭转。
但天下没有免费的午餐，虽然德川家康给予了他们优厚的待遇，但同时也束缚了他们。167月，就在刚刚攻陷丰臣氏最后的阵地大阪城堡不久，德川家康和德川秀忠宣布了《禁中并公家诸法度》，其中的十七项条款表明江户幕府大胆地试图规定、限制天皇和朝臣的行动，并且把他们与其他中坚分子隔绝开来。有几项条款明确教导贵族何谓优雅合宜的礼貌，规定了一种一心讲究仪式的生活方式，使贵族们能像被期望的那样，言谈举止像个威严的传统文化的保管人（有点类似于二战后日本皇室的存在方式）。为了避免皇室误以为他们可以不顺从幕府，德川将军早就在京都安置了一个军事代表，并派武士驻守城中心新修建的规模很大的二条城。
“天皇以才艺，特别是学问为第一要事。”——《禁中并公家诸法度》第一条教导天皇如何打发时间
德川家康必须要确保幕府对天下统治权力的独占性，而天皇俨然成为了幕府巩固统治权的工具。
将佛教势力为我所用
恩威并用也是德川府在处理与佛教组织关系上的特征。
佛教经亚洲大陆传入中国和朝鲜后，早在六世纪就已经传播到了日本列岛。七世纪的日本遣唐使在大唐见识到了佛教所具有广泛吸引力：庄严的寺院庙宇遍布各地，一册册的经卷指引着通向教赎的道路，精妙的艺术和肖像画荟萃云集。此外，日本的大化革新派发现，中国的皇帝们利用了佛教僧侣的影响，大肆捐助各个宗派，作为交换，他们让僧人们念诵经文、举行仪式，以宜扬皇帝的正统性和伟大。所以并不奇怪的是，当八世纪初日本天皇定都奈良时，也支持几个主要宗派建造寺院，使新都城成为世界上主要的佛教中心。
虽然朝廷迁往京都之后，皇室对佛教的捐助有所下降，但九世纪初开创的两个宗派，成了宗教修行和研究的领导中心。其一是天台宗，在京都东北角的比睿山建造了总寺廷历寺，另一个则是真言宗，他们的中心寺院坐落在纪伊的高野山。不久，镰仓幕府支持禅宗传入日本。十三世纪，一些流行宗派如净土宗、净土真宗的传教僧人离开京都，到日本各地的山村和市集发展新的皈依者。许多武士成为禅宗信徒，普通平民在聆听了简单教义之后也纷纷接受禅宗。
渐渐地某些佛教宗派获取了世俗权力，甚至在源赖朝建立镰仓幕府之前，天台宗僧人就已经利用他们在朝廷中的影响，占有了大量庄园，而且还组织了一支凶暴的憎兵队伍以保护自己的经济利益。十五世纪末至十六世纪初，净土真宗的支派本愿寺派控制了日本海沿岸和日本中部的几个地方。本愿寺派住持坐镇在类似要塞的石山本愿寺里——靠近现在的大阪市中心——在那里统治着一个有钱有势的广泛的宗教联盟。
天下越乱，佛教的“超度”和“避世”思想就越发大行其是。而佛教势力也借此得以不断壮大。后人很难想象，日本的战国时代发展到后期，社会是如此的动荡和畸形。平日里吃斋念佛的僧人竟然拿起了刀枪，明目张胆地干起了烧杀抢掠的营生。但不可否认的是，佛教的势力在当时的确不容小觑。
十六世纪晚期，织田信长吹响了统一日本的号角。织田信长把佛教大宗派看成他统一日本的重大障碍。延历寺僧人反对织田信长进驻京都，织田信长遂于1571年发动武士攻打比睿山的天台宗寺院，纵火焚毁了3000多座建筑，屠杀了数千名僧人。随后他又把矛头指向本愿寺，经过将近十年野蛮残忍的战争，夺走了几万条生命之后，织田信长于1580年接受了本愿寺的投降……
虽然经过织田信长的灭佛行动，佛教势力有所下降和收敛。等到德川家康接手日本统治权的时候，在如何对待佛教势力这个问题上，德川家康显示了自己深谋远虑的一面。不单单是对这个早已拥有数百万来自社会各阶层信徒的势力有所顾忌，德川家康更清醒地认识到佛教在控制人的思想和巩固统治层面的重要性。而对于佛教势力发展的失控则绝不能坐视，佛教必须为我所用。
随着几个主要宗派的世俗权力被剥夺，德川家康及其继任者迅速巩固了对佛教组织的政治和经历的控制。16至16，德川幕府颁布了一系列指令，确立对主要宗派的管理权，把僧人的活动严格限定在研究宗教学说、维持寺院纪律的范围内（幕府把对付皇室的方法再一次用在了处理佛教问题上），与此同时，也赐予了一些大寺院足够的土地，使他们得以继续充当宗教信仰和修习的中心。通过合理的诱导，幕府成功把佛教僧侣引回到了为国家及其领导者祈求神灵保佑的传统作用上来，幕府也借此重新确立了政权与佛教之间的互惠互利的关系。
通过以上三大宏观政策，德川幕府基本稳定了日本的社会秩序，也确立了自己在日本的统治基础。但幕府将军们明白，光靠这些还远远不够，日本社会再次爆发动荡的危机依然存在。
