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蛋白质结构数据库PDB
注意点:很多数据含有共晶配体的结构
很多时候,蛋白晶体结构中不只是蛋白,还可能有核酸、多肽、辅酶、小分子化合物(抑制剂、拮抗剂、激动剂、底物)、助溶剂、表面活性剂、金属离子和水分子以及其他分子;除了目标蛋白,可能还有其他蛋白。在PDB数据库的蛋白详情页内有详细记录,我们需要了解各组分是什么物质,各自的作用是什么,哪个是共晶配体。
(蛋白晶体结构中各组分的信息)
一些很小的分子,数量很多的分子,结合在很浅的蛋白表面的分子,通常不会是配体分子(但也有例外)。还有一些名称非常常见的,比如:GOL、ACT、PEG、SO4等等,这些只是蛋白结晶所需要的或者在溶液中存在的分子,不是真正意义上的配体分子。
仍然以4UMX为例,通过查询它的详细记录(/structure/4UMX),我们了解到NAP是辅酶,VVS是小分子配体,GOL是助溶剂分子而已。那么,我们应当以VVS的结合位置为对接口袋,而不应以NAP为对接位点。考虑到NAP与VVS有直接的相互作用,我们应当在对接时保留NAP,把它作为受体的一部分参与对接。
常见的辅酶还有:ADP、ATP、NAD+、NADH、NADP+、NADPH、HEME。
pymol pse格式
session格式保存,可以向ps图片处理软件类似,保存当前所有状态;右侧各图层都会保留,不合并,然后党课也是当前窗口状态