前言
叶绿体基因组(cpDNA)是环状的,在大小、结构和基因含量方面都相对保守,目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。
一、CPGAVAS2的使用
首先要寻找最佳的参考基因组,打开NCBI官网:National Center for Biotechnology Informationhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/
点击BLAST,跳转页面后点击NucleotideBLAST
输入目标序列的accession number或者提交序列文件后,点击左下角BLAST
出现这个界面后耐心等待
对比完成后出现这个页面,点击第一个结果的对应编号,下载相应的Genbank文件
下一步打开CPGAVAS2,界面如下,CPGAVAS2的在线地址为:CPGAVAS2http://47.96.249.172:16019/analyzer/annotate
提交目标物种的基因序列(fasta.),选择3数据库,然后提交自己在NCBI上BLAST后下载的最佳序列的Genbank文件,参数不做改变,点击submit
提交后耐心等待,记录自己的project id,方便后续查询
等待5-10min后,打开ViewResults,搜索相应的project id,就可以看到结果啦
若项目已经运行完毕,往下拉就会看到具体信息,可以根据自己的需求下载相应文件,比如gb文件,CDS文件,圈图(image4.png)等等
二、OGDRAW绘制圈图
OGDRAW在线地址如下:
MPI-MP CHLOROBOX - OGDRAWOGDRAW - draw high-quality graphical maps of Organellar Genomeshttps://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html打开后出现如下界面
要在upload处上载物种序列的gb文件(可由CPGAVAS2注释得到,也可以在NCBI下载),选择PS,勾选方框后选择Submit
结果出来后,点击output-graph,点击Download即可下载。下载后导入AI将圈图中央的物种名称改成自己物种的拉丁文即可