edgeR 接受raw count的定量表格，然后根据样本分组进行差异分析，具体步骤如下
1. 读取文件
需要读取基因在所有样本中的表达量文件，示例如下gene_id ctrl-1 ctrl-2 ctrl-3 case-1 case-2 case-3
geneA 14 0 11 4 0 12
geneB 125 401 442 175 59 200
每一行为一个基因，每一列代表一个样本。读取数据的代码如下# 读取表达量的表格
counts
"gene.counts.tsv",
header=T,
sep="\t",
row.names=1,
comment.char="",
check.names=F)
# 设置样本分组
groups
# 构建edgeR中的对象
y
2. 过滤count数很低的基因
根据CPM表达量对基因进行过滤，代码如下keep 1) >= 2
y
3. 归一化
默认采用TMM归一化算法，计算每个样本的 sizefactor, 代码如下y
4. 进行差异分析
代码如下design
y
et
5. 提取结果
将差异分析的结果保存到文件中，代码如下res
write.table(res, "edgeR.xls", header = T, col.names = NA, sep = "\t" )·end·
