前言
有个软件叫HLAreporter，它真的搞人，基本上就是shell脚本联合起来的，关键是居然还有各种小问题，其中之一就是关于文件名和目录名这个，导致程序只能在软件本身的目录运行，然后各种bug，于是我就修改了一部分，里面对文件名和目录名进行了处理。通常的操作是由路径中提取出文件名，从路径中提取出目录名，提取文件后缀名，相对路径转换为绝对路径等等。
下面介绍几种方法进行相关的操作，这些我都使用过的。
首先假设我的文件全称：/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh.
获取文件名
使用${}，${str##*/}
这个命令的作用就是去掉变量str从左边算起的最后一个/字符及其左边的内容，返回的值是从左边算起的最后一个/(不含该字符)的右边的所有内容，例子很简单：
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh
file=${str##*/}
echo $file
HLAreporter.sh ## 运行结果
使用awk语句
因为在ubuntu下面，路径都是以/为隔开的，那么我们就以/为分隔符，然后把最后部分打印，赋值，例子如下：
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh
file=`echo $str | awk -F "/" '{print $NF}'`
echo $file
HLAreporter.sh
使用官方函数basename
bash shell本身提供了basename命令，可以直接获取路径名最后的文件名，实现代码如下：
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh
file=$(basename $str)
echo $file
HLAreporter.sh
后缀和文件名分开
使用${}
在这里分别使用/和.作为分隔符来进行处理，代码如下：
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh
file=${str##*/}
filename=${file%.*}
suffix=${file##*.}
echo $file, $filename, $suffix
HLAreporter.sh, HLAreporter, sh
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103.tar.gz
file=${str##*/}
filename=${file%%.*}
suffix=${file#*.}
echo $file, $filename, $suffix
HLAreporter.v103.tar.gz, HLAreporter, v103.tar.gz
用的是Shell的参数扩展(Parameter Extension)功能，解释如下：
${str##*/}: 从左边开始删除str中最大匹配(longest matching pattern) */ 的字符串
${str%/*}：从右边开始删除str中最小匹配(shortest matching pattern) /* 的字符串
${file##*.}：从左边开始删除file中最大匹配(longest matching pattern) *. 的字符串
${file%.*}：从右边开始删除file中最小匹配(shortest matching pattern) .* 的字符串
${file%%.*}：从右边开始删除file中最大匹配(longest matching pattern) .* 的字符串
${file#*.}：从左边开始删除file中小匹配(shortest matching pattern) *. 的字符串
#：表示从左边算起第一个
%：表示从右边算起第一个
##：表示从左边算起最后一个
%%：表示从右边算起最后一个
换句话来说，＃总是表示左边算起，％总是表示右边算起。
参数扩展有多种形式，在shell编程中可以用作参数的拼接，字符串的替换，参数列表截取，变量初值等操作，这里不再详述，请参考右边的功能列表和官方文档.
参数扩展功能列表
参数形式
扩展后
x{y,z}
xy xz
${x}{y, z}
{x}z
z}
{x}${z}
${param#pattern}
从param前面删除pattern的最小匹配
${param##pattern}
从param前面删除pattern的最大匹配
${param%pattern}
从param后面删除pattern的最小匹配
${param%%pattern}
从param后面删除pattern的最大匹配
${param/pattern/string}
从param中用string替换pattern的第一次匹配，string可为空
${param//pattern/string}
从param中用string替换pattern的所有匹配，string可为空
${param:3:2}
截取$param中索引3开始的2个字符
${param:3}
截取$param中索引3至末尾的字符
${@:3:2}
截取参数列表$@中第3个开始的2个参数
${param:-word}
若
param不变
${param:+word}
若
param不变
${param:=word}
若
param设置为word
${param:?message}
若$param为空或为设置，则输出错误信息message，若包含空白符，则需引号
获取路径名
使用${}，${str%/*}
去掉变量var从右边算起的第一个'/'字符及其右边的内容，返回从右边算起的第一个'/'(不含该字符)的左边的内容。使用例子及结果如下：
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh
path=${str%/*}
echo $path
/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103
使用awk语句
分隔符，混合正则表达式：
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh
path=`echo $str | awk -F '/[^/]*$' '{print $1}'`
echo $path
/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103
## 或者使用for循环
path=`echo $str | awk 'BEGIN{res=""; FS="/";}{ for(i=2;i<=NF-1;i++) res=(res"/"$i);} END{print res}'`
/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103
使用官方函数dirname
bash shell本身提供了basename命令，可以直接获取路径名最后的文件名，实现代码如下：
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103/HLAreporter.sh
path=$(dirname $str)
echo $path
/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103
获取文件夹下的文件名
str=/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103
if [ -d "$str" ]; then
for file in $(ls $str/)
do
echo $file
done
fi
HLAfreq.sh
HLAreporter.README
HLAreporter.sh
HLAreporter_manual
Hydra-Version-0.5.3
Init.sh
bam2fastq-1.1.0
bin
database
docs
freq
mytest
qualityprofile
results
samtools
ssake_v3-8-tar
temp
相对路径转换为绝对路径
对于 Linux 系统，绝对路径和相对路径的判断十分简单：是否以斜线开头；
绝对路径以 / 开头；
相对路径不以 / 开头；
script=../../../HLAreporter.sh
dir=$(cd $(dirname $script); pwd)
or
dir=`cd $(dirname $script); pwd`
or
dir=echo `cd $(dirname $script); pwd`
echo $dir
/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAreporter.v103
参考
—— dulunar 后记于 .11
