一、MitoZ是什么
是基于python3开发的可以自动过滤双端测序的原始数据、mt基因组组装、mt基因组注释以及mt基因组可视化的工具。官方的说明文档地址：/CHANyp/MitoZ#citation
二、MitoZ的安装
git clone /CHANyp/MitoZ.gitcd MitoZ/version_2.4-alphatar -jxvf release_MitoZ_v2.4-alpha.tar.bz2
三、运行MitoZ的 all module
python3 ~/MitoZ/version_2.4-alpha/release_MitoZ_v2.4-alpha/MitoZ.py all --genetic_code 5 --clade Arthropoda --outprefix ZZZ --thread_number 12 --fastq1 raw.1.fq.gz --fastq2 raw.2.fq.gz --fastq_read_length 150 --insert_size 250 --run_mode 2 --filter_taxa_method 1 --requiring_taxa 'Arthropoda'--genetic_code 为MitoZ设置正确的遗传code，节肢动物使用无脊椎动物的mt_code 5；哺乳动物使用脊椎动物的mt_code 2。--clade 节肢动物使用'Arthropoda'，脊椎动物使用'Chordata'。--outprefix 输出文件的前缀--thread_number 线程数--fastq1,2 双端测序的原始下机数据--fastq_read_length 一端测的碱基数目--insert_size 插入片段的大小--run_mode 2快速比对；3multi-Kmer方法进行比对，先传参数2，如果结果中蛋白编码基因缺失，再传参3运行--filter_taxa_method 1对测序数据进行过滤，比如该物种为节肢动物，不是节肢动物的测序reads会被过滤掉；3不进行过滤--requiring_taxa 确认物种属于哪个类群，来对数据进行过滤
四、运行结果
less README.txt具体每一个文件内保存着什么信息都可以在README说明文档内查看。
