1. Caffe目录结构
data/用于存放下载的训练数据
docs/帮助文档
examples/代码样例
matlab/MATLAB接口文件
python/PYTHON接口文件
models/一些配置好的模型参数
scripts/一些文档和数据会用到的脚本核心代码
tools/保存的源码是用于生成二进制处理程序的，caffe在训练时实际是直接调用这些二进制文件
include/caffe的实现代码的头文件
src/实现caffe的源文件
src/文件结构
gtest/google test一个用于测试的库你make runtest时看见的很多绿色RUN OK就是它，这个与caffe的学习无关，不过是个有用的库
caffe/关键代码
test/用gtest测试caffe的代码
util/数据转换时用的一些代码。caffe速度快，很大程度得益于内存设计上的优化（blob数据结构采用proto）和对卷积的优化（部分与im2col相关）
proto/即所谓的“Protobuf”，全称“Google Protocol Buffer”，是一种数据存储格式，帮助caffe提速
layers/深度神经网络中的基本结构就是一层层互不相同的网络了，这个文件夹下的源文件以及目前位置src/caffe中包含所有.cpp文件就是caffe的核心目录下的核心代码了。
2. Caffe核心代码
核心代码：
blob.cpp.h基本的数据结构Blob类
commo.cpp.h定义Caffe类
internal_thread.cpp .h使用boost::thread线程库
net.cpp.h网络结构类Net
solver.cpp.h优化方法类Solver
data_transformer.cpp.h输入数据的基本操作类DataTransformer
syncedmem.cpp.h分配内存和释放内存类CaffeMallocHost，用于同步GPU，CPU数据
layer.cpp.h层类Layer
layers/此文件夹下面的代码全部至少继承了类Layer, 从layer_factory中注册继承
3. Caffe三层结构（Blob，Layers，Nets）
Blob：用于数据的保存、交换和操作，Caffe基础存储结构
Layer：用于模型和计算的基础
Net：整合连接Layers
Blob
在内存中表示4维数组，在caffe/blob.hpp中，维度包括（width_,height_,channels_,num_）
num_用于存储数据或权值（data）和权值增量（diff）
blob.hpp
Blob 在caffe源码blob.hpp中是一个模板类。
protected 的成员变量有：data_ , diff_ , shape_ , count_ , capacity_，其中data_和diff_是共享SyncedMemory 类（在syncedmem的源码中定义）的智能指针，shape_是int型的vector，count_和capacity_是整型变量。
其成员函数主要有：Reshape, ReshapeLike, SharedData, Updata等等。
blob.hpp包含了caffe.pb.h，说明caffe protobuf 会向blob 传递参数。
#include "caffe/proto/caffe.pb.h"
caffe.pb.h是google protocol buffer根据caffe.proto自动生成的，可以到src/caffe/proto/caffe.proto里看下caffe里面用到的各个数据的定义，比如BlobProto，Datum，NetParameter等。使用这个protocol buffer看起来确实方便，一方面可以用文本文件定义结构化的数据类型，另一方面可以生成查询效率更高、占空间更小的二进制文件
#include "caffe/common.hpp"
主要singleton化Caffe类，并封装了boost和CUDA随机数生成的函数，提供了统一的接口。
#include "caffe/syncedmem.hpp"
定义了以下的接口：
inline void CaffeMallocHost(void** ptr, size_t size)inline void CaffeFreeHost(void* ptr)
主要是分配内存和释放内存的。而class SyncedMemory定义了内存分配管理和CPU与GPU之间同步的函数
#include "caffe/util/math_functions.hpp"
封装了很多cblas矩阵运算。
caffe.proto里面BlobProto的定义：
对于BlobProto，可以看到定义了四个optional的int32类型的名字（name）num、channels、height和width，optional意味着Blob可以有一个或者没有这个参数，每个名字（name）后面都有一个数字，这个数字是其名字的一个标签。这个数字就是用来在生成的二进制文件中搜索查询的标签。关于这个数字，1到15会花费1byte的编码空间，16到2047花费2byte。所以一般建议把那些频繁使用的名字的标签设为1到15之间的值。而后面的repeated意味着float类型的data和diff可以重复任意次，而加上[packed = true]是为了更高效的编码。
主要数据有两个data和diff，用num、channels、height和width这四个维度来确定数据的具体位置，做一些数据查询和Blob reshape的操作。
message BlobProto {optional BlobShape shape = 7;repeated float data = 5 [packed = true];repeated float diff = 6 [packed = true];repeated double double_data = 8 [packed = true];repeated double double_diff = 9 [packed = true];// 4D dimensions -- deprecated. Use "shape" instead.optional int32 num = 1 [default = 0];optional int32 channels = 2 [default = 0];optional int32 height = 3 [default = 0];optional int32 width = 4 [default = 0];}
Blob主要变量
shared_ptr<SyncedMemory> data_;shared_ptr<SyncedMemory> diff_;shared_ptr<SyncedMemory> shape_data_;vector<int> shape_;int count_;int capacity_;
BLob只是一个基本的数据结构，因此内部的变量相对较少，首先是data_指针，指针类型是shared_ptr，属于boost库的一个智能指针，这一部分主要用来申请内存存储data，data主要是正向传播的时候用的。同理，diff_主要用来存储偏差，update data，shape_data和shape_都是存储Blob的形状，一个是老版本一个是新版本。count_表示Blob中的元素个数，也就是个数*通道数*高度*宽度,capacity_表示当前的元素个数，因为Blob可能会reshape。
主要函数
1. 构造函数 & 2. reshape函数
构造函数开辟一个内存空间来存储数据，Reshape函数在Layer中的reshape或者forward操作中来adjust dimension。同时在改变Blob大小时，内存将会被重新分配如果内存大小不够了，并且额外的内存将不会被释放。对input的blob进行reshape,如果立马调用Net::Backward是会出错的，因为reshape之后，要么Net::forward或者Net::Reshape就会被调用来将新的input shape传播到高层。
3. count函数
重载很多个count()函数，主要还是为了统计Blob的容量（volume），或者是某一片（slice），从某个axis到具体某个axis的shape乘积（如inline int count(int start_axis, int end_axis)）。
4. data_数据操作函数 & 5. 反向传播导数diff_操作函数
inline Dtype data_at(const int n, const int c, const int h, const int w)inline Dtype diff_at(const int n, const int c, const int h, const int w)inline Dtype data_at(const vector<int>& index)inline Dtype diff_at(const vector<int>& index)inline const shared_ptr<SyncedMemory>& data()inline const shared_ptr<SyncedMemory>& diff()
这一部分函数主要通过给定的位置访问数据，根据位置计算与数据起始的偏差offset，在通过cpu_data*指针获得地址
6. FromProto/ToProto 数据序列化
将数据序列化，存储到BlobProto，这里说到Proto是谷歌的一个数据序列化的存储格式，可以实现语言、平台无关、可扩展的序列化结构数据格式。
7. Update函数
该函数用于参数blob的更新（weight，bias 等减去对应的导数）
8.其他运算函数
Dtype asum_data() const;//计算data的L1范数(所有元素绝对值之和)Dtype asum_diff() const;//计算diff的L1范数Dtype sumsq_data() const;//计算data的L2范数(所有元素平方和)Dtype sumsq_diff() const;//计算diff的L2范数void scale_data(Dtype scale_factor);//将data部分乘以一个因子void scale_diff(Dtype scale_factor);//将diff部分乘一个因子
Blob编程操作
cd ~lscd caffecd build
之前安装caffe，装在/usr/local下或~/caffe/build/install下
如~/caffe/build/install下，重装一下
~/caffe/build$ sudo cmake -D CPU_ONLY=ON -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..~/caffe/build$ sudo make install
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
cd ~/teach_samples/caffe/lsvim test_blob.cpp
test_blob.cpp
gcc -o test_blob test_blob.cpp -D CPU_ONLY -lcaffe -lstdc++ -lglog
/*** 功能：* 1. 测试使用Blob* 2. 给blob赋值* 3. 获取blob指定位置的值* 4. 输出通过L1范式和L2范式得到的结果**/#include <iostream>#include "caffe/blob.hpp"int main(int argc,char* argv[]){//构造一个Blobcaffe::Blob<float> b;std::cout<<"Size : "<<b.shape_string()<<std::endl;b.Reshape(1,2,3,4);std::cout<<"Size : "<<b.shape_string()<<std::endl;//使用mutable_cpu_data函数修改Blob内部数值float* p = b.mutable_cpu_data();for(int i=0;i<b.count();i++){p[i] = i;}//打印指定位置的每一个数值for(int u=0; u<b.num() ;u++){for(int v=0;v<b.channels();v++){for(int w=0;w<b.height();w++){for(int x=0; x<b.width();x++){std::cout<<"b["<<u<<"] ["<<v<<"] ["<<w<<"] ["<<x<<"] ="<<b.data_at(u,v,w,x)<<std::endl;}}}}//求L1,L2范式及其输出结果std::cout<<"ASUM : "<<b.asum_data()<<std::endl;std::cout<<"SUMSQ : "<<b.sumsq_data()<<std::endl;return 0;}
测试
~/teach_samples/caffe$ ./test_blob
Layer
所有的Pooling，Convolve，apply nonlinearities等操作都在这里实现。在Layer中input data用bottom表示output data用top表示。每一层定义了三种操作setup（Layer初始化）, forward（正向传导，根据input计算output）, backward（反向传导计算，根据output计算input的梯度）。forward和backward有GPU和CPU两个版本的实现。
5种衍生Layers:
data_layer
neuron_layer
loss_layer
common_layer
vision_layer
data_layer
data_layer主要包含与数据有关的文件。在官方文档中指出data是caffe数据的入口是网络的最低层，并且支持多种格式，在这之中又有5种LayerType：
DATA用于LevelDB或LMDB数据格式的输入的类型，输入参数有source, batch_size, (rand_skip), (backend)。后两个是可选。
MEMORY_DATA这种类型可以直接从内存读取数据使用时需要调用MemoryDataLayer::Reset，输入参数有batch_size, channels, height, width。
HDF5_DATAHDF5数据格式输入的类型，输入参数有source, batch_size。
HDF5_OUTPUTHDF5数据格式输出的类型，输入参数有file_name。
IMAGE_DATA图像格式数据输入的类型，输入参数有source, batch_size, (rand_skip), (shuffle), (new_height), (new_width)。
其实还有两种WINDOW_DATA,DUMMY_DATA用于测试和预留的接口,不重要。
neuron_layer
同样是数据的操作层，neuron_layer实现里大量激活函数，主要是元素级别的操作，具有相同的bottom,top size。
Caffe中实现了大量激活函数GPU和CPU的都有很多。它们的父类都是NeuronLayer
template <typename Dtype>
class NeuronLayer : public Layer<Dtype>
一般的参数设置格式如下（以ReLU为例）：
layers {name: "relu1"type: RELUbottom: "conv1"top: "conv1"}
loss_layer
Loss层计算网络误差，loss_layer.hpp头文件调用情况：
#include "caffe/blob.hpp"#include "caffe/common.hpp"#include "caffe/layer.hpp"#include "caffe/neuron_layers.hpp"#include "caffe/proto/caffe.pb.h"
可以看见调用了neuron_layers.hpp，估计是需要调用里面的函数计算Loss，一般来说Loss放在最后一层。caffe实现了大量loss function，它们的父类都是LossLayer。
template <typename Dtype>
class LossLayer : public Layer<Dtype>
common_layer
这一层主要进行的是vision_layer的连接
声明了9个类型的common_layer，部分有GPU实现：
InnerProductLayer常常用来作为全连接层
SplitLayer用于一输入对多输出的场合（对blob）
FlattenLayer将n * c * h * w变成向量的格式n * ( c * h * w ) * 1 * 1
ConcatLayer用于多输入一输出的场合
SilenceLayer用于一输入对多输出的场合（对layer）
(Elementwise Operations) 这里面是我们常说的激活函数层Activation Layers。
EltwiseLayer
SoftmaxLayer
ArgMaxLayer
MVNLayer
vision_layer
主要是实现Convolution和Pooling操作, 主要有以下几个类：
ConvolutionLayer最常用的卷积操作
Im2colLayer与MATLAB里面的im2col类似，即image-to-column transformation，转换后方便卷积计算
LRNLayer全称local response normalization layer，在Hinton论文中有详细介绍ImageNet Classification with Deep Convolutional Neural Networks 。
PoolingLayerPooling操作
Net
Net由一系列的Layer组成(无回路有向图DAG)，Layer之间的连接由一个文本文件描述。模型初始化Net::Init()会产生blob和layer并调用Layer::SetUp。在此过程中Net会报告初始化进程。这里的初始化与设备无关，在初始化之后通过Caffe::set_mode()设置Caffe::mode()来选择运行平台CPU或GPU，结果是相同的。
4. ProtoBuf
Caffe中，数据的读取、运算、存储都是采用Google Protocol Buffer来进行的。
Protocol Buffer(PB)是一种轻便、高效的结构化数据存储格式，可以用于结构化数据串行化，很适合做数据存储或 RPC 数据交换格式。它可用于通讯协议、数据存储等领域的语言无关、平台无关、可扩展的序列化结构数据格式。是一种效率和兼容性都很优秀的二进制数据传输格式，目前提供了 C++、Java、Python 三种语言的 API。Caffe采用的是C++和Python的API。
protoc --proto_path=IMPORT_PATH --cpp_out=DST_DIR --java_out=DST_DIR --python_out=DST_DIR path/to/file.proto
这里将给出上述命令的参数解释。
protoc为Protocol Buffer提供的命令行编译工具。--proto_path等同于-I选项，主要用于指定待编译的.proto消息定义文件所在的目录，该选项可以被同时指定多个。--cpp_out选项表示生成C++代码，--java_out表示生成Java代码，--python_out则表示生成Python代码，其后的目录为生成后的代码所存放的目录。path/to/file.proto表示待编译的消息定义文件。
注：对于C++而言，通过Protocol Buffer编译工具，可以将每个.proto文件生成出一对.h和.cc的C++代码文件。生成后的文件可以直接加载到应用程序所在的工程项目中。
代码文件
lsvim ly.helloworld.proto
:q!退出
C++编译
protoc -I=. --cpp_out=. ly.helloworld.proto
lsvim test_pb.cpp
:q!退出
编译
gcc -o test_pb test_pb.cpp ly. -lprotobuf -lstdc++
ls./test_pbls
看到log文件输出成功
5. 训练mnist数据集
Training LeNet on MNIST with Caffe
获取数据
./data/mnist/get_mnist.sh将数据转化为lmdb格式
./examples/mnist/create_mnist.sh训练
./examples/mnist/train_lenet.sh
注意：
脚本的运行基于$Caffe_Root文件加下的路径执行训练的时候，如果安装的时候选择了CPU_ONLY的话，在*.prototxt文件中，把mode:GPU改成mode:CPU
下载数据
cd caffe./data/mnist/get_mnist.sh
转化数据
./examples/mnist/create_mnist.sh
./examples/mnist/create_mnist.sh
create_mnist.sh是利用caffe-master/build/examples/mnist/的convert_mnist_data.bin工具，将mnist date转化为可用的lmdb格式的文件。并将新生成的2个文件mnist-train-lmdb和mnist-test-lmdb放于create_mnist.sh同目录下。
训练
./examples/mnist/train_lenet.sh
如果没有GPU,使用CPU模式,修改$CAFFE_ROOT/examples/mnist/lenet_solver.prototxt:
# solver mode: CPU or GPUsolver_mode: CPU
# The train/test net protocol buffer definitionnet: "examples/mnist/lenet_train_test.prototxt" //网络协议具体定义# test_iter specifies how many forward passes the test should carry out.# In the case of MNIST, we have test batch size 100 and 100 test iterations,# covering the full 10,000 testing images.test_iter: 100 //test迭代次数,如果batch_size=100,则100张图一批,训练100次,则可以覆盖10000张图的需求# Carry out testing every 500 training iterations.test_interval: 500 //训练迭代500次测试一次# The base learning rate, momentum and the weight decay of the network.//网络参数:学习率,动量,权重的衰减base_lr: 0.01momentum: 0.9weight_decay: 0.0005# The learning rate policy //学习策略:有固定学习率和每步递减学习率lr_policy: "inv"gamma: 0.0001power: 0.75# Display every 100 iterations //每迭代100次显示一次display: 100# The maximum number of iterations //最大迭代次数max_iter: 10000# snapshot intermediate results //每5000次迭代存储一次数据,路径前缀如下snapshot: 5000snapshot_prefix: "examples/mnist/lenet"# solver mode: CPU or GPU //使用CPU或者GPUsolver_mode: GPU
./examples/mnist/train_lenet.sh
调用工具：./build/tools/caffe train --solver=examples/mnist/lenet_solver.prototxt
看到optimization done训练结束，~/caffe/examples/mnist/多了caffemodel
CPU:i3-3240 CPU @ 3.40GHz 训练耗时15分钟
