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R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决对于无法正常安装的方法,或者出现无法读取biom文件格式问题(可能不是文件格式原因而是包不能识别)可以尝试下面这种方法。R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决
BIOM格式在R语言中通过biom包打开,包所在的官网为http://biom-/
官网的提供安装方法
To install this package, start R (version “4.1”) and enter,估计是4.1版本用的,不过我的版本是3.6.3版本这个方法也可以安装上。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("biomformat")
安装后读取biom文件时出现了问题,但是这是我之前没有遇到的问题,说格式不对,之前读取biom格式的时候是没问题的,所以我找到了github的原码安装一下居然可以了下面是报错信息
> read_biom("otutax.txt")Error in read_biom("otutax.txt") : Both attempts to read input file:otutax.txteither as JSON (BIOM-v1) or HDF5 (BIOM-v2).Check file path, file name, file itself, then try again.
对于无法正常安装的方法,或者出现无法读取biom文件格式问题(可能不是文件格式原因而是包不能识别)可以尝试下面这种方法。
/joey711/biom
点击download ZIP
下载之后解压文件
然后打开Rstudio或者R
install.packages("biom-master/",repos = NULL,type="source")library(biom)#可以读取文件了read_biom("otutax.txt")biom object. type: OTU table matrix_type: sparse 60 rows and 60 columns
安装时候可能安装失败,他说少了什么你就去安装什么就可以了