建立生态补偿机制，是建设生态文明的重要制度保障。新《环境保护法》第31条明确规定，“国家建立、健全生态保护补偿制度。”目前，浙江、江西、江苏、湖北、福建等省在一些主要流域分别开展了流域生态补偿，断面水质超标时由上游给予下游补偿，断面水质指标值优于控制指标时由下游给予上游补偿；四川省在岷江、沱江干流及重要支流跨市（州）和扩权试点县（市）实施断面水质进行考核，试行跨界断面水质超标资金扣缴制度。这些水质保护措施对于实施主体功能区战略、促进欠发达地区和贫困人口共享改革发展成果，对于加快建设生态文明、促进人与自然和谐发展具有重要意义。笔者认为开展流域生态补偿工作应突出“五性”。
一是断面设置要体现科学性。新《环境保护法》第17条规定，“有关行业、专业等各类环境质量监测站（点）的设置应当符合法律法规规定和监测规范的要求”。水质达标率的考核，要以水环境功能区为基本单位，按照水环境功能区划及其对应的陆上污染源汇流区和水陆输入响应的原则，综合考虑跨界问题，划分控制单元。将行政辖区出境断面设置为考核断面，入境断面为参考断面，参考断面为非考核断面。断面设置要能够全面真实反映上游出境水质状况，点位选择要科学合理。
二是生态服务要体现平等性。流域生态补偿是在综合考虑生态保护成本、发展机会成本和生态服务价值的基础上，采取财政转移支付或市场交易等方式，对生态保护者和受害者给予合理补偿，是明确界定生态保护者与受益者权利义务、使生态保护经济外部性内部化的公共制度安排。生态补偿的方式分为超标赔偿和达标补偿两种。生态产品作为公共产品，各行政单元都有保护水域环境、发展经济的权利和义务。在较好履行新《环境保护法》第29条“国家在重点生态功能区、生态环境敏感区和脆弱区等区域划定生态保护红线，实行严格保护”义务的前提下，应当进一步明确，凡交界断面当月水质指标值超过水质控制目标，上游城市必须给予下游城市超标赔偿；凡断面当月水质指标优于断面水质控制目标的，下游城市必须给予上游城市达标补偿。让“好生态不再是免费午餐”，充分体现生态保护成本、发展机会成本和生态服务价值的均等性，真正实现“谁保护，谁得益”、“谁改善，谁得益”、“谁贡献大，谁多得益”以及“总量控制、有奖有罚”的目标。
三是依法保护要体现全域性。目前，流域生态补偿大多是区域政府行为，没有实现全流域生态补偿。自起，河北省在全国率先推出的“全省范围的河流跨界断面水质目标责任考核并试行扣缴生态补偿金”政策，对该省水污染防治将起到积极的推动作用。山东省为确保南水北调山东段水质达标，在所有重点流域全面推行生态补偿机制，从而建立起生态环境保护“连环责任制”，有效调动了利益相关地域共同保护生态环境的积极性，促进全省重点河流水质明显改善。因此，国家应在主要流域开展流域生态补偿，引导企业、社会团体、非政府组织等各类受益主体履行生态补偿义务，督促生态损害者切实履行治理修复责任。督促受偿者切实履行生态保护建设责任，保证生态产品的供给和质量。当断面水质超标时由上游给予下游补偿，断面水质指标值优于控制指标时由下游给予上游补偿。
四是考核指标要体现特征性。目前，实行跨界断面水质考核监测的指标主要有化学需氧量、氨氮、高锰酸盐指数、总磷等指标。流域跨界断面水质考核因子应根据水质变化和实际需要进行确定，对特征污染物总量排放进行考核。依据《地表水环境质量标准》（GB3838—2002），每月对断面水质实行单因子评价，扣缴金额按超标倍数计算，计算方式为断面水质超标倍数乘以扣缴基数。同时，因不可抗拒原因引起的阶段性水质超标，不执行水质超标资金扣缴。人工监测数据和水质自动监测数据为断面水质达标率的考核依据。依据水环境功能区划，明确交接断面的水质类别、评价项目、评价方法、监测频次、监测规范、质量保证及信息公开方式。同时，跨界断面的水质例行监测，应由被考核地方的上级环境保护行政主管部门统一监督管理，考核双方环境监测机构共同参与对跨界断面的监测，确保监测结果客观真实。
五是长效管理要体现规范性。新《环境保护法》第31条规定，“国家加大对生态保护地区的财政转移支付力度。有关地方人民政府应当落实生态保护补偿资金，确保其用于生态保护补偿”。要通过完善政策和立法，建立健全生态补偿长效机制。尽快修改完善《关于建立健全生态补偿机制的若干意见》。出台生态补偿条例，明确生态补偿的基本原则、主要领域、补偿范围、补偿对象、资金来源、补偿标准、相关利益主体的权利义务、考核评估办法、责任追究等。鼓励各地出台规范性文件或地方法规，不断推进生态补偿的制度化和法制化。早日出台《生态补偿法》和《生态环境补偿管理条例》。就流域而言，制定《流域生态环境补偿办法》，同时开展排污权和水资源使用权交易，推行生态环境补偿市场化。多渠道筹集资金，为主要流域水源生态补偿提供资金保障。
