杨过不知道小龙女在全真教,两个人是碰巧重逢。
小龙女是要杀尹志平报仇去的全真教。
杨过是知道蒙古要对付全真教,去探查情况。
小龙女知道了尹志平才是毁自己清白的人,一路跟着尹志平,在一家酒馆里,遇到了金轮法王等人,金轮法王想要对付小龙女,这个时候周伯通又出现,拿出了从蒙古军营偷来的军旗炫耀,金轮法王三言两语就很容易的从周伯通手里骗回了军旗,只是要和周伯通做一个游戏。周伯通同意,之后带着小龙女离开。
金轮法王因为解了赵志敬和尹志平被小龙女跟踪的困局,赵志敬和尹志平去了蒙古大营见到了忽必烈,赵志敬和尹志平对待忽必烈的态度完全不同。
在蒙古要册封全真教的事情上,作为新任掌教的尹志平是很排斥和极度不情愿的,但是赵志敬以尹志平的丑事作为要挟,迫使尹志平让位给了赵志敬,但是尹志平有一条就是不能接受蒙古的册封。赵志敬出尔反尔,当了掌教之后,便要接受蒙古的册封。
一时间全真教开始内讧,金轮法王趁机帮助赵志敬控制住了局势。在赵志敬徒弟清笃准备杀了尹志平的时候,小龙女出现,要留尹志平性命,小龙女只是想尹志平死在自己手里。
赵志敬看着小龙女要杀自己,急急忙忙跑到金轮法王身边求助,金轮法王此时正守在玉虚洞丘处机等人闭关的洞口,并用大石头堵住洞门。在金轮法王准备偷袭小龙女的时候,尹志平挡在了小龙女面前,挨了一掌,性命堪忧。
在黄蓉寻找郭襄的过程中,遇见了李莫愁,杨过也遇见了李莫愁。因为郭靖要砍了郭芙的手偿还杨过,黄蓉要郭芙去桃花岛找柯镇恶前来找郭靖求情,黄蓉跟着李莫愁想要夺回郭襄。在黄蓉和李莫愁一场比武功、比心机的过程中,李莫愁放在树下的郭襄,被杨过抱走。
郭芙见到了杨过,还看见了杨过怀里的婴儿,在和黄蓉说起这件事情之后,几个人便准备去绝情谷找杨过,因为杨过的情花毒还没有解。
杨过带着小郭襄到了全真教附近,听见了蒙古军的进攻号角,便上山查探,将郭襄放在山下的一个小茅屋里。
狼藉一片的全真教,杨过再次见到小龙女的时候,小龙女正和全真五子打斗,杨过的出现阻止了这次打斗,金轮法王再次偷袭重伤小龙女,金轮法王想要击败杨过和小龙女,却被小龙女一根小小的银针大败。尹志平自杀。
在全真教,杨过和小龙女正式在王重阳画像前结拜为夫妻,在被全真教围堵的时候,周伯通引了一群玉蜂来,杨过小龙女乘乱离开全真教,杨过带着小龙女和郭襄从水底回到了古墓,并为小龙女疗伤。
赵志敬丑事败露,因为在金轮法王和周伯通抢夺军旗的游戏中,赵志敬差点要了周伯通的命,后被周伯通使计用玉蜂蛰死在一个大钟里。周伯通也是在和小龙女被金轮法王和赵志敬困在山洞里的时候,从小龙女手上学到了驱蜂术,小龙女则学会了周伯通的左右互搏术,小龙女和郭靖资质不同,但是都能学会一心二用的左右互搏术。
黄蓉、李莫愁和武三通等人也到了终南山,黄蓉武三通逼迫李莫愁带着他们去古墓,黄蓉没有进去,李莫愁熟知古墓机关,使计脱离了武三通耶律齐等人。
李莫愁找到了杨过小龙女,使计让杨过和小龙女中了五毒神掌的毒,李莫愁的目的还是索要玉女心经。
而在逃跑的过程中,杨过又使计让李莫愁困在了石棺里,为了躲避武三通等人,杨过小龙女躲进了另外的石棺里,却被露在外面的衣服暴露行踪,被武三通等人以为是李莫愁,郭芙使用捡到的冰魄银针再次打伤了杨过和小龙女。
郭芙差点没把杨过气死。杨过带着小龙女离开,同时也带走了被郭芙找到的郭襄。杨过带着小龙女和郭襄去了山上一处茅屋暂住。黄蓉等人一时间也找不到郭襄,决定先去绝情谷救被困的天竺大师。
在杨过和小龙女暂住的茅屋里,先后遇见了丐帮的何师我、霍都、一灯大师和裘千仞。何师我被杨过点了穴装成雪人,在霍都的怂恿下,发病的裘千仞动武打死了何师我,还重伤了一灯大师。何师我死后,霍都就假冒何师我,这在若干年之后的丐帮大会上,霍都不同意耶律齐当丐帮帮主,并想要夺取丐帮帮主之位上埋了伏笔。
在杨过化解了裘千仞的病之后,杨过和一灯大师等人前去绝情谷找裘千尺。
在绝情谷,杨过将郭襄还给了黄蓉,李莫愁师徒困在情花坳中都中了毒,洪凌波被李莫愁当支撑物葬身情花丛中。
黄蓉假装疯癫使裘千仞的心魔化解,从裘千仞手中救回了郭襄,裘千仞大彻大悟,不再过问江湖恩仇。公孙止和李莫愁互相利用,他们的谈话被绿萼听到。被绿萼救出的天竺大师被李莫愁用冰魄银针毒死。天竺大师手里拿着断肠草。
在公孙止从绿萼手里夺取绝情丹之后,以绿萼为人质要挟要离开,谁知道绿萼自杀了。
小龙女和公孙止打斗过程中,其他人不断扰乱公孙止的思绪,最终小龙女拿到了绝情丹,却被杨过将绝情丹扔下了山崖。武三通等人放火烧了情花,李莫愁无处可去,情花毒发作,跳入火海自杀。公孙止被裘千尺逼到绝路,在死亡之际,拉了裘千尺垫背,两个人一同掉落山崖死亡。
黄蓉和小龙女说了断肠草的事情,认定断肠草是情花毒的解药。而在黄蓉和小龙女谈话之后,小龙女就消失了,实际上小龙女在断肠崖留下十六年后再相见一些字之后,小龙女是跳下山崖的,只是没死。而黄蓉则骗杨过说,小龙女是被南海神尼带走的。
自此,杨过和小龙女再次分别,这一别就是十六年。