原名总理陵园纪念植物园，实际上它也是中山陵纪念性建筑物之一。位于钟山南麓，明孝陵附近，建于1929年，后屡经战乱，遭受严重破坏，1954年经中央人民政府政务院正式批准，定名为南京中山植物园。
现在已是我国植物科学研究、观赏和植物学知识普及教育的基地。
该园占地187公顷，有花木展览温室、药用植物园、植物分类系统园、树木园、蔷薇园、地中海景区园、经济植物选育园、科普及展览区、水生植物展出区、试验苗圃、研究办公室、科学成果推广区以及自然植被保护区等，共收集培育选了三千多种植物，与世界上60多个国家建立了联系。
1980年与美国密苏里植物园建立了姐妹园关系。
