汉魏六朝时期，是《史记》的传播和初步研究时期。受时代潮流的冲击，本时期的《史记》研究处在艰难的暇涉之中。司马迁《史记》完成之目，正是汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”思想确、立之时，以至于整个两汉时期，儒家思想都是占据统治地位，各种异端思想消声匿迹，战国时代“百家争鸣”的局面不见了，就连汉初那种比较自由的学术气氛也荡膝无存。这是中国古代思想发展史_仁一次重大转变，这种定孺京思想于一茸的做法，无疑严重地束缚了人们的思想。
《史记》既是大一统社会的产物，又是这个大一统社会所不容的“谤书”，因为它敢于冲出为尊者讳的藩篱，把如椽之笔伸向统治阶级内部，揭露其丑恶行径，甚至把至高无上的皇帝头上的神圣光圈剔除干净。又由于它敢于把热情洋溢的笔墨付诸下层人物，对刺客、游侠表示极大的同情，敢于儒家罕言之“利”挑战，表现出卓越的经济思想，所以，在正统思想家眼里，《史记》又成了叛经离道之作。从另一方而看，当时的文人学士，舞文弄墨，喜欢的是铺张扬厉、对偶工整、语言华丽的辞赋，而司马迁的《史记》则是用一种自由奔放、参差不齐的散体长短句与世相争。这就决定了它在当时文化氛围中的命运，正如司马贞所叹:“《史记》比于班书，微为古质，故汉晋名贤未知见重所以魏文侯听古乐则唯恐卧，良有以也。”(《史记索隐序》)又说:“其人好奇而词省，故事核而文微，是以后之学者多所未究。”(《史记索隐后序》)同时，史学在两汉对期还没有它应有的独立的地位，它被作为经学的附庸而列入《春秋》类中。这儿股势力的融合，使《史记》的流布和研究都很难迈开大步。
魏晋以后，强大的思想解放潮流冲击着儒家的传统思想，人们从禁锢中解放出来，在新的文化氛围中，人们的认识、思想都有了新的特色。与此同时，学术上的一大变化就是:史学摆脱了经学附庸地位，在学术领域内形成一门独立的学科。西晋秘书监苟勗《中经新薄》把史学从经学的附庸中划分出来，列为丙部，体现出史学的独立性。东晋著作郎李充《晋元帝书目》又把史部提升到仅次于经学的地位。
史学本身也取得了辉煌成就，数量繁多，甚至出现了“一代之史，至数十家”的局面。人们对史学认识的提高，尤其是“正史”地位之尊，也使《史记》的身价得到相应的提高。尽管《史记》有时也被视为洪水猛兽，但更多的人是站在赞同的立场上去评价《史记》，一反过去“尊班抑马”而为“尊马抑班”，并有人仔细研读，乃至于出现了《史记集解》这样的著作，为后代的研究开了一个先河。从另一个方面看，文学和史学原为一家，这时开始分道扬镰。因此，相对而言，《史记》身价的提高只是从史学方面得到了提高，而它在文学上的成就还很少有人问津。
