临床医学论文通常有前言、临床资料、结果、讨论等四个较规范的基本层次。除前言外，其余的三个基本层次均按一级标题在文中列出，每个基本层次又分若干个更为具体的写作层次，在文中分二级标题、三级标题、四级标题等，每个标题下的自然段，还可以再分为若干个写作层次，使得论文逐步展开主题。然而，医刊汇编译发现，很多作者写作的临床医学论文存在一些层次方面的问题，常见的如下：
一、层次过简。例如，前言中只是些概述论文，没有提出正文要解决的问题，不利于下文有针对性地解决问题；临床资料不完整，对前人的方法已改进或自创的新方法、新技术介绍不具体不详细，使他人无法重复验证；结果中只反映阳性率、治愈率和有效率，不反映副反应、并发症等；讨论的内容不全面，只是过多地重复结果的内容或大量地复习他人的文献，而不在此阐述自己的发现，自己的观点，不比较本研究与他人的异同，不评价自己研究结果的价值以及不指出存在的不足或需进一步研究的问题。
二、层次过繁。主要表现为：对临床资料过于详细地介绍，不注意选择对说明论点有代表性的、有特色的资料，这样面面俱到，反而掩盖了有价值的临床资料；讨论漫无边际，不能紧扣主题，从最原始的观点起源展开，大段大段地引用一些过时的和人们熟悉的观点，最后绕了一大圈才回到自己的观点中，将讨论写成了文献综述，不仅显得文章冗长繁杂，而且也冲淡了自己的观点，使通篇论文的质量大打折扣。
三、表达不清。主要表现为，小标题缺乏连续性，有的序号后有小标题，有的序号后没有小标题，而直接叙述段落内容，使读者在浏览全文小标题时，不易形成清晰的框架；小标题过多，每个小标题下只有1～2行文字，好似全文的提纲，使文章的结构显得不紧奏；小标题过少，全文大段文字没有小标题，使得文章的段落层次不清晰，不易于读者对全文的理解。
临床医学论文写作层次中由于上述问题的存在，严重地影响了论文的质量，导致论文最终不能刊出。因此，作者写作临床医学论文时，既要安排好以主题为中心的宏观结构，将大的层次内容布局好，也要将以逻辑关系建立起来的微观结构安排好，即按论点、论据的不同层次将资料有主次、详略得当地组合起来，成为一篇观点鲜明、资料丰富、论述深刻的临床医学论文。
