教育是一个永恒的话题，而父母究竟如何教育子女，这个问题，《银河补习班》给了我们一个答案。
邓超饰演的马皓文是一个工程师，他建造了x市的大桥并担任大桥开启仪式的火炬手，而马皓文的儿子马飞和同学一起负责迎接火炬手，却因为无法完成老师要求的动作被老师同学嘲笑是个“缺根筋”。这时候马飞因为马皓文是其父亲的荣耀而忽然感受到了虚荣的感觉。随后大桥却忽然因豆腐渣工程崩塌而锒铛入狱，从而错过了儿子马飞七年的成长时光。
努力劳改提前出狱的马皓文找到了儿子后，却发现儿子被所有人质疑，哪怕是母亲还是养父，尽管他们对儿子非常疼爱，却也不相信儿子是个读书的材料，谩骂与侮辱简直家常便饭。学校的教导主任是一个对差生极度厌恶的人，他一心驱逐马飞出校，不希望马飞的存在侮辱了学校的荣誉。而马皓文却一直鼓励着孩子，以自己特殊的教育方式帮助孩子成长以及复习。与教导主任定下儿子将在第一学期结束后从垫底进入级段前十的约定。在期末考试的前夕带着儿子逃离重负的复习环境走遍各地游学，一点一滴被父亲所改变的马飞虽然在一次意外中与父亲走散并遇到了百年难得一见的大洪水，却在父亲的呼喊与鼓励下通过自己的独立思考的能力得以求生。
期末考试的马飞因为教导主任给其语文作文打0分而未能进入级段前十，最终在马皓文与校董会的争论下，马飞得到了继续在学校就读的机会，并成为了学校里读书最好的人。后来的马飞成为了一个航天员，并在事故中通过自己的勇气与智慧成功返回地球。
马飞的成功，完完全全离不开马皓文这位父亲，尽管马皓文错过了马飞成长最重要的七年，可是他却把自己永不放弃永不认输的精神以及独立思考的能力给了马飞，马皓文的教学中，不止是对于儿子绝对的信任与支持，更是松弛有度的教育，以身作则的态度。他一次又一次的在别人面前维护自己的儿子，让儿子感受到了父爱，也让儿子知道自己应当为了自己，为了父亲去努力。
