近年来，巡航导弹作为一种远程精确制导的高技术武器装备，已经成为以“非接触远程精确打击”为主要特点的新作战思想的重要支柱，在高技术局部战争和军事冲突中发挥着越来越重要的威慑和杀伤作用。巡航导弹及相关技术的不断扩散以及巡航导弹在最近历次局部战争中的出色表现使美军认为，在未来战争中，巡航导弹将对美国构成最为严重的威胁，必须给予足够的重视，只注重弹道导弹而忽视对巡航导弹防御技术的研究将是战略上的重大失误。
巡航导弹防御的基本思路
面对日益增长的巡航导弹防御需求，美国认为可以从制定非扩散条约限制各国巡航导弹的数量、发射装置，发射平台和军事基地、设置掩体等被动防御措施以及建立主动巡航导弹防御体系这几个方面对巡航导弹进行有效的对抗。但同时美国也意识到，前几种途径都存在很大的局限性，不能对巡航导弹进行有效的防御，必须尽快建立起主动防御系统，才能在战争中免遭敌方巡航导弹的饱和攻击，占得战争的先机。
美国就如何构建反巡航导弹的主动防御系统进行了大量研究，包括威胁出现的时间；拟采用技术的有效性、成熟程度和费用：各军种间部件通用的可能性。还评估了巡航导弹和弹道导弹防御通用探测器和武器的可能性，以及战斗机、地空导弹，浮空器(包括系留气球和飞艇)和其它武器系统在巡航导弹防御中的潜在作用等。
美国认为，一个有效的巡航导弹防御系统必须具备4大能力，具有在巡航导弹发射后探测并跟踪巡航导弹的能力，具有拦截并摧毁巡航导弹的能力：具有能够将预警系统和拦截系统无缝链接并实现实时作战的作战管理系统具有能有效预测巡航导弹攻击顺序并实施应对措施的能力。目前美国在充分利用现有预警和拦截系统的同时，其陆、海、空三军也都在积极研究适合巡航导弹防御系统的多种武器方案，并针对上述巡航导弹防御系统应具备的几种能力，积极构建由探测预警系统、作战管理和指挥控制系统，拦截系统构成的多层主动巡航导弹防御系统。
多层主动巡航导弹防御系统
探测预警系统
目前，美国主要启用空军的E-3预警机，海军的E-2“鹰眼”预警机以及海军的“宙斯盾”舰船作为巡航导弹防御中的预警系统，而在未来美国很可能装备E-10多传感器指挥与控制飞机，联合防御对地攻击巡航导弹的高空组网探测器(JLENS)系统以及监视和通信中继用高空飞艇(HAA)等多种研制中的预警系统。E-3和E-2预警机都能远距离探测和跟踪空中目标，并指引作战飞机和防空部队对威胁目标进行拦截。这些早期预警飞机的最大优势是它们已经完全具备探测巡航导弹的能力，下一步任务只是进行进一步升级。但由于机载预警系统的数量有限，采购和作战成本比较高，且需要基地支持，采用预警机的作战成本相对较高。美国海军装备有“宙斯盾”系统的战舰具有很高的机动性和持久性，雷达视野宽阔，探测概率较大，能以最快的时间对从海上发射的巡航导弹进行预警，将在美国未来巡航导弹防御中发挥重要作用。
美国军方还在开发或者建议采用多种平台，为未来巡航导弹防御提供可选方案。联合防御对地攻击巡航导弹的高空组网探测器(JLENS)系统即是美国正在发展的采用浮空器平台的巡航导弹防御系统。JLENS是一种无动力，比空气轻的无人高空雷达平台，系统主要包括两个工作在3000～4000米高空的系留气球，可分别安装探测雷达和火控雷达。JLENS的优势不只在于侦察范围广，而且其系统造价远比飞机和卫星便宜，运行费用也仅为约500美元，小时(普通侦察机至少为7000美元，小时)。低廉的成本和长时间滞空监视能力使得JLENS系统特别适用于高危或冲突地区。JLENS系统试验预定在开始，在完成，距离真正的部署还需要一段时间。美国空军正在开发的E-10多传感器指挥与控制飞机将有可能成为美国新一代预警机。E-10装载了MP-RTIP有源电扫描阵列(AESA)雷达系统，探测低空飞行巡航导弹的能力得到了大幅度的提升。E-10的任务功能与现在用于远程侦察的E-3等预警机差别不大，但其自动化程度更高。美国国防部称E-10将是未来美国巡航导弹防御的关键系统，特别是当美军在远离本土的海外战场时，E-10的作用将不可限量。
另外，美国防部于11月30日批准由导弹防御局(MDA)负责研制的监视和通信中继用高空飞艇(HAA)项目进入下一阶段，即制造一架HAA样机并进行演示验证。HAA项目旨在验证一种能携带多种监视和其他有效载荷的同温层长航时飞艇的军事效用。MDA期望HAA飞艇能在19812米的高空持续飞行30天，这种飞艇最初只装载传感器设备，以后还可装载导弹之类的武器系统以用作武器平台。美国防部基于经费缩减和技术难点，决定放慢该项目计划进度。所谓放慢进度，实际上是增加一个阶段的工作，既风险降低阶段，主要致力于改善核心分系统的技术，以便降低系统综合风险。
在未来，JLENS，E-10和其他空基雷达监视系统之间或许会存在竞争，最终美国军方在打造巡航导弹预警系统时会选择哪个平台，或是会综合使用哪些平台，目前还很难预测，但这些系统都各有特点和优势，E-10能够很快部署，且比JLENS具有更强的机动性。但与E-10相比，JLENS却具有无人操作，自动化程度更高，系统造价低、战场风险小的多种优势。
作战管理和指挥控制系统
作战管理和指挥控制系统是巡航导弹防御中最重要的组成部分，所有传感器和拦截弹在指控结构中的信息网格链接必须是无缝的，并且能够实现所需信息的实时传递，以便快速对巡航导弹目标进行拦截，美国在冷战时期就开始开发具有这样能力的作战管理系统。Link-16就可以使AWACS(机载预警与控制系统)，E-2和战机等作战平台和系统相互链接，并具有实时目标信息分享能力。然而，Link-16缺乏真正的网络中心战所要求的最终实时数据分享和处理能力，用于巡航导弹防御的作战管理系统还略有欠缺。
美国认为，最适合巡航导弹防御的指挥和控制网络最好是专门针对导弹防御任务而设计的，幸运的是，目前军方完全可以利用已经用于作战的“指挥控制、作战管理和通信”(CZBMC)系统。C2BMC将美国遍布全球的导弹探测、拦截和指挥控制中心集成了起来，具有规划、态势感知、指挥控制、作战管理和通信等功能，可对各种探测预警设备和拦截武器进行集中的指挥控制。C2BMC基本的网络能力已经在具备，预计完全投入使用要到。美国认为C2BMC可能是目前最适合于巡航导弹防御的作战管理系统。除此之外，美国海军为加强海上防空作战能力而研制的“协同作战能力”(CEC)系统能够将舰队中各舰艇上的目标探测系统、指控系统、武器系统和舰载预警机联网，实现作战信息集成与共享，统一协调作战行动，该系统在未来巡航导弹的防御中极有可能起到重要的作用。
拦截系统
巡航导弹一旦被锁定，下一步的主要目的就是对其进行拦截。美国计划采用作战飞机，防空导弹以及激光武器和火炮构建多层拦截系统，目前主要利用“爱国者”、“标准”和“先进中程空空导弹”(AMRAAM)等已经部署的拦截系统进行巡航导弹防御，但与此同时，美国还在探讨其他多种巡航导弹拦截武器。
首先，美国已经可以利用一些现役装备对巡航导弹进行防御。一是，美国典型的前线战机，如F/A-18，F-16和F-15等，都具有俯视、俯射能力，能对巡航导弹实施拦截。这些前线战机能够携带射程为110千米的AMRAAM，可有效对抗巡航导弹。最新部署的F-22A战机也进一步改进了针对巡航导弹的防御能力。相比其它战机，F-22A战机的续航时间更长，并且装备了有源电扫描雷达，能够探测较小的目标，在较远的射程外，具有较高的精度。美国国防部利用战机进行巡航导弹防御的构想是首先，具有隐身和超声速飞行能力的F-22A和F-35飞机，最多经过30分钟便深入敌方领空，形成第一层防御能力，对接近的来袭巡航导弹实施首次迎面拦截。美军认为，即便在部署有俄罗斯最新防空导弹的区域内，F-22A和F-35仍能生存。其次，利用F/A-18E和F-15C在敌军防空导弹射程范围外形成第二和第三层防御能力，对躲过最初几次拦截的导弹进行拦截。
二是，PAC-3系统作为美国已经部署的防空系统，正在执行防御巡航导弹的任务。采用PAC-3系统防御巡航导弹是一种效费比较高的选择，首先它已经研制成功，具备了拦截弹道导弹和巡航导弹的能力，这些能力已经得到了证实，是近期美国巡航导弹防御中比较可行的方案：其次，PAC-3的成本也较为低廉，财年，美国陆军采购了108枚PAC-3导弹，仅花费5.6亿美元。相比之下，采购具有导弹防御能力的“宙斯盾”舰的费用大概在10亿美元，而F-22A战机每架为1.68亿美元。
三是，地基防空系统能够针对巡航导弹提供持续防御能力。“地面发射型先进中程空空导弹”(SL-AMRAAM)系统是一种先进的防空武器系统，可应对现有或新出现的巡航导弹以及其他各种吸气式威胁目标。在机动作战和国土防御作战任务中，SL-AMRAAM可提供前线防护能力，保护重要目标。SL-AMRAAM导弹系统具有网络中心战的能力，可与“爱国者”和其他防空武器系统互操作，也包括前面提到的JLENS传感器。对美国及其盟国而言，SL-AMRAAM是一套较为理想的防空武器系统，但是该系统有一个致命的缺点，就是射程太有限，比空射型号的AMRAAM短很多，会导致导弹被拦截后，弹片散落到临近区域，造成人员伤亡，因此进一步提高该武器的射程是必须考虑的。
四是，美国海军装备有不同防空系统的舰船也可执行巡航导弹的防御任务。由“宙斯盾”舰载雷达制导的“标准-2Block”系列的地对空导弹，火炮系统和RAM近程导弹都为美军的舰船提供了针对巡航导弹的防御能力。 其次，美国在未来还有几种拦截武器的方案可供选择。一是，导弹防御局“快速反应特殊计划”下的“空中发射直接碰撞杀伤”(ALHTK)系统，可以用于拦截弹道导弹和巡航导弹。该项目设想把美国陆军的PAC-3中远程地-空导弹集成到现有的战斗机上，作为空一空导弹来拦截敌方的弹道导弹和巡航导弹。这种空射导弹不仅可用于保卫美国国土安全，还可用来为部署到战区的美军部队提供保护。项目负责人称，装备PAC-3导弹的战斗机可以在执行战斗空中巡逻任务或进行爬升拦截时，在不对称的战场环境中挫败来自巡航导弹和弹道导弹的攻击。
二是，美国雷声公司负责研制的“标准-6”(SM-6)导弹也是一种具有对付巡航导弹能力的增程防空系统，是美国海军“标准”导弹族的一次革命性改进。该导弹具有远程、超视距一体化火控能力。“标准-6”导弹的研制主要依靠雷声公司的成熟技术，如采用“标准-2Block”导弹弹体，“先进中程空空导弹”的导引头技术，使得“标准-6”导弹成为一种高效能，低成本、低风险的增程防空导弹武器系统。“标准-6”导弹将在财年进行飞行试验，可望初始部署。
三是，在具有长续航能力的无人机(UAV)上装备拦截弹，该方案隶属于1990年前后的一个弹道导弹防御计划，被称为“猛禽/利爪”(Rapto-Talon)计划。系统的优势是具有长续航能力，远程探测能力，武器射程也有增加。虽然直到1993年美国也并没有制造和试飞Talon导弹，但“猛禽“无人机却发展了下来。特别值得关注的是，以色列研制出了用于拦截伊朗“流星一3”导弹的助推段弹道导弹防御无人机系统，这种无人机也能够应用于美国的本土巡航导弹防御。
最后，美国正在研究的几种定向能(DE)武器技术在未来也很有可能会应用于巡航导弹防御。美国研制的高功率微波武器采用了最新一代有源相控阵雷达技术，能够精确拦截目标。未来美国的战机，如F-22A、F-35等都很有可能装备这种武器。另一种在未来可能用于巡航导弹防御的武器方案是高能激光器(THEL)，事实上美国和以色列联合研制的战术高能激光器曾在1996年的试验中成功摧毁过模拟巡航导弹飞行的BQM-34型靶弹。这次试验的成功为美国采用战术激光器对抗巡航导弹建立了信心。美国陆军取消了THEL计划，开始启动更为先进的固态激光器计划。
由于采用多层防御系统费用昂贵，且需要大量机载设备或陆基系统等高价值的资源，不能满足巡航导弹防御系统对于成本控制的要求。美国国防部还从1996年5月开始研究低成本巡航导弹防御系统(LCCMD)。按照美国低成本巡航导弹防御计划，只有大幅度节省经费，美国防部才可能发展用于巡航导弹防御的探测系统和拦截系统。美国制定低成本巡航导弹防御计划，目标是设计，研制和演示用于拦截巡航导弹的比较便宜的导引头。由于导引头一般占拦截器成本的70％，故低成本巡航导弹防御计划将集中于导引头系统的研发。
