进化论（theory of evolution），并非什么演化都是进化，进化论，是以史为鉴，要找出生命生存规律和发展方向的系统性的科学理论，是对物种起源和发展的一种科学证明。
目前对进化论的质疑，多数来自神创论，根据质疑类型可划分为5大类。
1、针对理论地位的质疑：
进化论仅是个猜想。
进化论是对生物多样性的解释，有大量的事实依据来支撑，是科学理论。
进化论没有被证明。
没错，进化论只由经验事实支撑，所以进化论是科学。
进化论不可证伪。
随着生物学的发展，演化论的可证伪性已经非常成熟。比如：
如果在前寒武纪化石中发现兔子，可证伪演化过程；如果人和鱼的DNA的相似度，高于人和猿的DNA相似度，可证伪共同祖先。
以上两条都是非常有力可证伪性。
2、针对观察和证据的质疑：
进化论不是事实，从未被直接观察到。
间接观察也是观察，引力从未被观察到，但是物体下落的现象，使得引力的存在成为事实。
演化规模太大，无法观察。
小规模演化已经在实验室观察到，大规模演化已经在自然界观察到。
化石作假，碳 14 测年法不靠谱。
哦……
3、基于生物复杂性的质疑：
进化论认为演化是渐进的，但是很多器官的产生是突变。
到了分子生物学时代，可以把进化论理解为基因变异，环境选择。基因本身微小变异，和表达出来的性状出现较大差异，两者不矛盾。比如计算机代码，可能把很多 0 换成 1 也不影响結果，也可能换一个字节就使結果大相径庭。而这具体如何发生，不是进化论的范畴。
眼睛这样复杂的器官，怎么逐渐形成？
这个维基页面介绍了眼睛的演化/wiki/Evolution_of_the_eye
进化论可以解释器官的变大或缩小，但不能解释出现。
进化论通过变异来解释多样性，也就是为什么会有变化。
怎样的基因变异对应怎样的性状变化，不在进化论的討論范围。
因此进化论解释了器官的出现，但是从未试图解释特定器官的出现。
进化论没有解释物种起源。
从未试图解释，这不是进化论的讨论范围。
演化出这么多这么复杂的生物，概率太低了。
地球形成的概率也很低。
4、关于演化的随机性：
进化论说变异是随机的，但是实验说演化是有方向的。
基因变异是随机的，环境选择是有标准的，两者不矛盾。
适应环境就是演化的方向，不适应环境的变异完全可以发生，但是会被淘汰。
由于这个方向没有前后高低之分，“演化”而不是进化，也有人认为可以将适应环境看做是 “进”。
5、关于达尔文自己：
达尔文自己说过，进化论有 XXXX 问题。达尔文之后的生物学家们没有闲着哦，进化论也在发展和完善。
达尔文的进化论是有重大缺陷，但科学就是在不断自我否定中前进，如果一个100多年前提出的科学理论没有缺陷，那才是不正常的。没有缺陷，不容置疑的那是宗教。
不光达尔文的学说有很大的缺陷，后来用来修补达尔文理论的新理论依然有这种或那种的漏洞。可这就是科学，不断地在肯定与否定自我的过程中向着正确的方向大步迈进或缓慢爬行。所以没有必要纠结演化论是否有致命缺陷，因为它的大方向是对的。
