说起进化，小编觉得达尔文的进化论影响了很多研究者。为了弄清楚物种来龙去脉，研究者们看性状，翻化石，聊发育以及使用分子证据。今天小编给各位研究者带来几篇在动植物物种进化方向上有代表性的高分文章，开启新学期好文推荐时光～
哺乳动物篇
Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evolution and distinct traits大规模反刍动物基因组测序为其进化和特异性状提供见解
发表期刊：Science发表时间：.6发表单位：西北工业大学
组装物种情况
反刍动物所有6个科的44个物种
研究内容
1. 基于组装的44个反刍动物基因组序列以及已发表的7个反刍动物基因组，建立了一个新的系统发育树，解决了之前关于反刍动物科深枝以及高辐射牛科的争论。2. 估计了冠层反刍动物的出现时间为渐新世晚期（3910-3230万年前），有角下目出现的时间为新近纪（2330-2080万年前）。3. 种群历史分析表明，大多数反刍动物在大约10-5万年前发生了大规模的种群减少事件，这些事件在时间上和空间上与这一时期人类活动的增加同时发生。4. 发现了与一些重要的进化相关的组学变化，如多室胃、体型变化、奔跑习性和齿系。
图1 反刍动物的系统发育和性状进化
鸟类篇
Convergent regulatory evolution and loss of flight in paleognathous birds
古颌鸟类的趋同调节进化与飞行能力丧失
发表期刊：Science
发表时间：.4
发表单位：哈佛大学
组装物种情况
11种古颌鸟类（8种不会飞的平胸类和3种无翼鸟）
研究内容
1. 通过系统基因组学、发育学和表观基因组分析，表明调控区域比蛋白质编码基因更为普遍的收敛进化，在飞行能力丧失相关发育通路中普遍存在。2. 对284001个保守的非编码元件进行贝叶斯分析，确定了2355个在无飞行能力的古生物谱系中独立加速，其结果驱动了前肢发育。
图2 MP-EST物种树
海洋生物篇
Evolution of the immune system influences speciation rates in teleost fishes
免疫系统的进化对硬骨鱼类物种形成速率的影响
发表期刊：Nature Genetics
发表时间：.10
发表单位：挪威奥斯陆大学
组装物种情况
66种硬骨鱼类
研究内容
1. 对66种硬骨鱼类基因组比较分析，发现 MHC II 在整个鳕形目中缺失，因此在它们的共同祖先中发生了遗传丢失。相比之下，MHC I 基因在这个分支的内部和外部都发生了多次扩张。2. 利用性状相关的多样化模型确定了高 MHC I 拷贝数和高物种形成率之间的关联。
图3 76种硬骨鱼类的系统发育（虚线为已有基因组物种）
无脊椎动物篇
Comparative genomics of the major parasitic worms
主要寄生蠕虫的比较基因组学
发表期刊：Nature Genetics
发表时间：.11
发表单位：国际蠕虫基因组联盟
组装物种情况
81种寄生和非寄生蠕虫（36种基因组已发表）
研究内容
1. 系统发育和基因家族分析表明，在系统发育的关键节点上发现与寄生有关的基因家族的诞生和数百个基因家族扩张。例如调节宿主免疫反应的基因家族，使寄生虫能够通过宿主组织迁移，或者让寄生虫进食。2. 揭示了药物开发的核心代谢和蛋白质家族中广泛的谱系特异性差异，确定了优先考虑的新潜在药物靶点。
图4 56种线虫、25种扁桃体线虫和10种外类群线虫的全基因组系统发育
作物篇
Genomes of 13 domesticated and wild rice relatives highlight genetic conservation, turnover and innovation across the genus Oryza
13种驯化和野生稻近缘种基因组揭示稻属的系统进化
发表期刊：Nature Genetics
发表时间：.1
发表单位：冷泉港实验室
研究材料
13个稻属物种
研究内容
1. 对13个稻属物种基因组的比较发现，尽管很少有大规模的染色体重排，但许多新的元件，包括转座子和潜在的新编码和非编码基因的出现和更替，反映了物种的快速多样化。2. 解决了稻属系统发育中有争议的领域，显示了包含两个驯化物种的年轻‘AA’亚类中不同染色体之间复杂的渗入历史。3. 强调了功能耦合抗病基因的普遍性，并鉴定了许多可能用于未来作物育种的新单倍型。
图5稻属的地理分布和系统进化本期好文推荐，暂时告一段落，后有彩蛋，请勿错过。
目前各种测序技术火热，更多的研究者将各种证据结合在一起去讲物种进化层面的故事。这时给每个物种构建一个参考基因组，就尤为必要。
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