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【Nature】肠道菌群基因结构变异关联宿主健康

时间:2023-01-01 05:33:55

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【Nature】肠道菌群基因结构变异关联宿主健康

以色列雷霍沃特魏茨曼科学研究所等联合团队研究发现,人类肠道微生物间存在基因结构变异现象,且这种基因组结构变异与宿主健康高度相关。发表杂志:Nature发表时间:3月27日影响因子IF:41.577【研究背景】CNV(copyNumber Variation,拷贝数多态)是基因组结构变异(Structuralvariation,SV)的一种,研究证明CNVs在人类基因组中非常普遍,与多种疾病表型密切相关,而在这些疾病研究中恰巧发现肠道微生物也参与其中。那么导致这些疾病是因为人类的基因组结构变异还是肠道微生物基因组变异呢?再小的变异都有可能导致患病、抗生素耐药、代谢性疾病或者寿命改变等等问题,所以证明谁是主导原因至关重要。【研究方法】宏基因组测序,ICRA算法和SGV-Finder算法【研究结果】利用宏基因组测序方法获得以色列887名健康个体的样本数据,设计了ICRA算法和SGV-Finder算法在56个检测到的肠道微生物物种中找到了7,479个结构变异(其中包括5,056个缺失和2,423个可变结构变异),这些结构变异在人的肠道菌群中普遍存在,且其长度、所含基因种类在不同的宿主中丰度不尽相同。【部分结果展示】1 )使用ICRA算法精确解读宏基因组数据

2)基因组结构变异可以在群体间复制且随时间推移在个体间表现稳定。

3)基因组结构变异与微生物生长速率及特定功能相关。

4)基因组结构变异与疾病风险相关且可以另一个群体间复制。

5)风险相关的结构变异包含功能多样的基因。

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