慢性萎缩性胃炎胃黏膜活检病理主要为：腺体不同程度萎缩、消失，代之以幽门腺化生或肠腺化生，间质炎症浸润显着。萎缩性胃炎病情从轻到重，有8大阶段。1、萎缩性胃炎（轻度）胃窦部浅层固有腺体呈局灶性萎缩，腺体的上皮细胞体积缩小，细胞数目亦减少，因而腺体体积缩小，甚至消失，使残留的固有腺体不规则分布。减少1/3，而大小弯腺体正常。黏膜肌层增厚。2、萎缩性胃炎（中度）
胃窦部及小弯固有腺体均有萎缩，减少1/3～2/3，且范围较轻度广泛。萎缩腺体之间纤维组织增生，间质增宽，其中有较多的炎细胞浸润。可有淋巴滤泡形成。3、萎缩性胃炎（重度）胃窦部大部分萎缩﹑减少2/3以上，仅残留少数原有腺体，大﹑小弯及弯腺体萎缩或黏膜显着变薄，原有腺体完全萎缩﹑消失，而代之以化生腺体。可有肠上皮化生或异型增生。
4、肠上皮化生肠上皮化生，先从腺颈部上皮开始，然后向黏膜表面上皮及腺体深部发展。肠上皮化生（肠腺化生）为小肠腺化生，它与大肠腺的区别就在于有潘氏细胞。其中肠上皮化生表面上皮或/和腺体占黏膜1/3以下的为轻度、1/3～2/3的为中度、2/3以上为重度。5、不典型增生（轻度）轻度不典型增生表现为黏膜层表面的柱状上皮细胞大多数仍为成熟的细胞。增生的腺体稍不规则，排列紊乱且分布不均，由不成熟的细胞围绕，大小形体不同，细胞中黏液细胞减少，核稍增大，胞质内黏液减少，PAS染色弱阳性。该型为良性病变。
6、不典型增生（中度）
中度不典型增生表现为腺体上皮大多为不成熟的细胞，细胞的异性较明显，细胞核增大，深染，密集而呈复层化，核分裂象增多，但大部分的核仍靠近细胞底部。分泌明显减少或消失。腺体结构不规则，形状及大小不等，腺管迂曲。这种异型增生的结构异型和细胞异型较明显，但仍未良性，主要见于基底部。7、不典型增生（重度）凡属细胞异型和结构异型非常明显，或判定良性或恶性困难者，均属于此级。柱状上皮细胞呈高柱状或立方形，细胞核多形性明显，核增大和深染明显，核的极性消失，复层化和重叠现象可扩展到黏膜表层。表现为腺管结构明显紊乱，腺管的形状及大小不整，可见“背靠背”或共壁现象，也可见分支或“出芽”现象。顶部亦见核分裂象，分泌消失。
8、癌变
为重度不典型增生的进一步发展。胃黏膜上皮异型增生癌变有两个重要的形态学特征：
①出现恶性细胞；②有肯定的侵犯间质。恶性细胞体积常大，分化差，多形性，核大，核仁明显，常见异常核分裂，当这样的细胞限于腺体内时，为原位癌。侵入间质则为恶性的肯定指征，但常小而浅，必须仔细观察寻找。
在某些情况下，无明显的侵犯间质，细胞虽明显异常但尚未具备全部恶性形态的特征，判断为恶性相当困难，则归入疑癌范畴，亦需重复活检。一旦确定了由间质侵犯，即使细胞异型不很严重也为恶性。癌变可从黏膜的不同深度开始。有的从黏膜表面上皮开始，活检易于发现。有的从黏膜深部腺体开始。如活检取材较浅，则不易发现。此种情况应予注意。
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