新疆石窟多塔庙窟、大像窟、僧房窟、禅窟以及不同形制洞窟组成的洞窟组合，也有少量的禅窟群。5世纪以后，方形佛殿窟数量增多，出现了佛坛窟。焉耆、吐鲁番一带还有洞窟前面接砌土坯前堂和径用土坯砌建的洞窟。
新疆主要石窟有：分布在拜城县境内的：
【01】
克孜尔石窟
克孜尔石窟现在划分为四个区域，正式编号的石窟有236个，大部分塑像都已被毁，还有81窟存有残存壁画。其中谷西区开放，非特窟可以使用手机拍照（禁止闪光灯和相机），而谷东区需要提前预约可以开放。其他两个区域不对外开放。
温巴什石窟（第六批增补进国一克孜尔石窟）
台台尔石窟（第六批增补进国一克孜尔石窟）
然后是分布在库车县境内的：
【02】
库木吐喇石窟
【03】
库车克孜尔尕哈石窟
【04】
库车森木塞姆石窟
【05】
阿艾石窟
以上石窟中克孜尔石窟规模最大，开凿最早，大约开凿于3世纪，4~5世纪是其盛期，最晚的洞窟大约属于8世纪。其他三处，开凿的时间都比克孜尔晚，衰落的时间可能迟到11世纪。
二、古焉耆区。在今焉耆回族自治县七格星一带。开凿时间约在5世纪以后。
【06】
七个星佛寺遗址
▲被德国人盗走的泥塑部件
▲被德国人盗走的壁画
三、古高昌区。在今吐鲁番附近。主要石窟有吐峪沟石窟和柏孜克里克石窟。吐峪沟早期石窟约开凿在5世纪。柏孜克里克主要石窟是9世纪以后回鹘高昌时期的遗迹，最晚的洞窟有可能迟到13世纪。
【07】
柏孜克里克千佛洞
现存57个。其中有壁画的40多个，总面积1200平方米。上世纪初还遗存大量精品，被外国人盗走。一部分在二战中损毁，一部分被俄国抢到圣彼得堡。
考古人员共清理发掘了13座洞窟、26间居址，面积约1000平方米。出土大批精美壁画残片、泥塑像残块、汉文、回鹘文等纸质文书，壁画上还发现有汉、回鹘文题记等。
【08】
吐峪沟石窟
▲吐鲁番博物馆中的吐峪沟石窟壁画复制图
【09】
雅尔湖石窟
这些不同形制的洞窟，除一般僧房窟外，窟内都绘壁画，绝大部份原来还置有塑像。绘塑内容，6世纪以前，主要有释迦、交脚弥勒和表现释迦的本生、佛传、因缘等图像。6世纪出现了千佛。8世纪以来，中原北方地区盛行的阿弥陀和阿弥陀净土以及其他净土，还有一些密教形像，都逐渐传播到这里，壁画布局和绘画技法也较显着地受到中原北方石窟的影响。
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