1126年闰十一月，金兵攻下北宋都城汴京，俘虏了徽宗、钦宗二帝。次年2月，金人议立张邦昌为傀儡皇帝。秦桧这时任御史中丞，上书“尽死以辩”，反对张邦昌的伪立。因他忠于赵宋亡国之君，而反对金人意旨，故被金人拘留。徽、钦二帝被俘北去，秦桧、孙傅、张叔夜、何栗等人也一同被押至燕山府(今北京城西南)。
秦桧回到南宋，疑点重重
4年之后，秦桧突然从楚州(今江苏淮安)回到南宋朝廷，自称是杀了监视自己的金兵而乘舟逃回。朝士之中，对此多表示怀疑，秦桧与何栗、张叔夜等人一同被拘，为什么秦桧能独自逃回?又自燕山至楚州2800里，渡河越海，难道没有盘诘设禁的人?他怎能杀监使南归?即使他跟随金兵南侵、途中金人放了他，也会把他的妻子家属扣留，又怎能与妻子王氏等一同回来?
但宰相范宗尹、同知枢密院事李回等人与秦桧有些私交，尽破群疑，力荐其忠。加之他被俘前表现出了一丁点儿“气节”，奸相面目没有充分暴露。一见到宋高宗时他又提出“如欲天下无事，南自南，北自北”的卖国求和主张，正中这位只知逃跑求和皇帝的下怀，于是立即被任命为礼部尚书。不久又挤掉曾经推荐过他的宰相范宗尹而爬上宰相宝座。秦桧专权后，日以求和卖国、排挤打击抗战派为事，他的逃归就更引起人们的怀疑。
史书记载：秦桧南逃经过
秦桧是怎样从燕山回到南宋的呢？据南宋《中兴遗史》、徐梦莘《三朝北盟会编》、李心传《建炎以来系年要录》记载：秦桧与宋徽宗被俘到燕山后，徽宗听说儿子赵构已经即皇帝位(即高宗)，就写信给金帅粘罕求和，并让秦桧修改润色。秦桧又以厚礼贿赂金人，将书信送给粘罕，得到金人的欢心。后来徽宗、钦宗又被转移到韩州(今辽宁八面城)，而秦桧因得金主的赏识，不但没有随主子迁徙，反而被赐给左监军、金主的弟弟挞懒为任用(执事)，而且很快成为挞懒的心腹亲信。
1130年， 挞懒率兵南侵，任命秦桧为任用同行。秦妻王氏怕不能同南来， 夫妻俩暗商密计，奸狡地表演了一场闹剧。两人故意吵闹，王氏骂道:“我家翁父，使我嫁汝时，有赀财二十万贯，欲使我与汝同甘苦，尽此平生。今大金国以汝为任用，而乃弃我于途中耶?”叫骂不断。挞懒住在秦桧的隔壁，挞懒之妻闻声赶来，问明情况后，极力安尉王氏，说此事不用担心，大金国法令允许家属同行。挞懒之妻又转告挞懒，挞懒也同意王氏同行，又行命秦桧为参谋军事、随军转运使。
金兵攻楚州时，兵营扎在孙村浦寨中。楚州城沦陷， 兵营中的金兵纷纷奔入城内抢劫。秦桧密约艄工孙静，乘混乱之际，以催淮阳军海州钱粮为名，同王氏、家僮砚童、兴儿及亲信翁顺、 高益恭等人乘船“挂席而去”。
逃到涟水军界时，被丁祀水寨的巡逻兵捉获，准备捉去杀头。秦桧见事不妙，喊道:“我是御史中丞秦桧。 ”巡逻兵谁个认识他?只当是奸细，凌辱拷打了一番。秦桧又喊:“这里没有秀才? 秀才应当知道我姓名。”恰巧有个卖酒的秀才王安道在场，这家伙本来不认识秦桧，却假装熟识，到秦桧面前，磕个响头，说“中丞劳苦不易”。大家信以为真，也就没杀他。次日，丁祀让王安道等人伴送秦桧到南宋。
秦桧编造 “脱险记”
楚州陷落后，四处都是金兵，秦桧怎能携带家属、亲信一帆风顺地逃跑?这不免令人生疑。秦桧不知什么时候，杜撰了一本《北征纪实》，书中没说“杀金人监己者奔舟而来”之事，而是说，他到楚州孙村浦寨后，日夜谋划回到朝廷，但无计可施。本想暂留以待日后时机，但既怕挞懒逼自己去招降楚州，又担心城破之后为敌所用，于是推荐陈邦光、李俦等人给挞懒使用，又告诉挞懒，“ 楚州褊小，不足深讨”，想用这些办法来求“自免”。
楚州城破之后，打算夜里骑马逃归，不料金人已四处事先设了埋伏，防备城中有人潜逃。只好“定计于食顷之间”，乘舟逃归。当夜行舟六十里，次日到丁家寨，拜访丁祀。丁祀推辞有病不见。第三天丁祀让副将刘靖等人以酒相待，谁知刘靖没安好心，隔夜谋划要杀他以图取包裹钱财。因他已闻到风声，故席上面责刘靖阴谋，刘见阴谋暴露，不敢再下手。他又亲自到丁祀军营，丁祀又拒绝接见，只好返回舟中。
秦桧编造的这段“脱险记”，李心传就不大相信。他引录了上段文字后加按语说，秦桧自称丁祀拒己不见，若果真如此，秦专权时丁祀必遭贬黜废死，但秦桧一当宰相，就提升丁祀，丁官至观察使，权倾一时，“不知但感其不杀之恩，或又有曲折而收之以灭口?”此可疑一也。
秦桧自谓随军至楚，计于食顷之间，假使初无放归秦桧之意，只令随军，必定会拘留其家属作为人质，哪能让王氏同行?此可疑二也。
秦桧又自叙刘靖欲杀己以图谋他的包裹财物，既有包裹，哪会是登舟逃跑?此可疑三也。
秦桧是“大间谍”？
李心传进而推测，纵观秦桧回来执意讲和的所作所为，和“南自南，北自北”的主张，“ 岂非秦桧在金廷尝倡和议，而达赍(挞懒)纵之使归耶?今未敢臆决。”《宋史.秦桧传》则肯定地说“秦桧在金廷首唱和议，故挞懒纵之使归也”。《林泉野纪》 更说秦桧在金时，为徽宗上书粘罕求和，粘罕大喜，赐钱万贯，绢万匹。进攻楚州时，“乃使乘船舰全家厚载而还，俾得和议为内功”。
因此，很多人都怀疑秦桧是金人放回以作内应，但尚有争论，至今仍是一一个谜案。
