新疆自古以来就是中国的领土，但是由于地理位置重要，新疆受到了一些国家的觊觎。近代以来，沙俄还有英国一直都对新疆虎视眈眈，沙俄还曾占领了伊犁，但是后来被左宗棠驱逐出去。民国时期，虽然国际国内形势动荡，但是新疆一直都没有分裂出祖国。
新中国建立之初，中国对苏联十分信任，而且由于当时缺乏中亚语系的书籍，所以新疆用的都是苏联的教科书，这使得一些年轻人的国家认同感逐渐降低。中苏关系恶化之后，苏联对新疆的渗透逐渐加深，包括新疆军区的一些将领都被苏联情报机构策反，新疆军区的两位少将，祖农太也夫和马尔果夫少将都被策反。被策反的一些官员利用自己的特殊身份游走在边疆各个牧场，煽动当地的百姓叛逃，很多百姓都去苏联领事馆领取了侨民证。1962年4月22日凌晨，数十名边民携带家人和行李来到了霍尔果斯口岸，要前往苏联，之后又有越来越多的百姓聚集到边境口岸，要前往苏联。
当时中国边防部门接到了命令：不准阻拦。苏联方面还开来了很多客车，将这些人全部运走，苏联一侧白天用高音喇叭，晚上用巨型探照灯照射中国境内为叛逃人员指引方向。整整三天三夜的时间，六万人叛逃到了苏联。
此次叛逃使新疆一些边疆的基层政权直接解体，一些县镇逃的就剩下几百户人家，40万亩农田没有能够播种，到处都是无主的牛羊。此次事件后，新疆生产建设兵团开始进驻这些地区。1991年苏联解体之后，当时有三万多人想要回国，但是因为放弃了中国国籍被拒绝。
