1. Biomarker
根据丰度信息,找出不同组分之间的差异因素(物种、功能),继而确定其生物学的相关性。
2.专业分析软件 Metastats LEfSe STAMP
Metastats
应用范围:
只能两组样本之间比较(非参数T检验(参数T检验,一般用于正态分布),卡方检验)
分析上可以没有生物学重复
作用:
差异物种分析
差异功能分析
特点: 只能做两组之间的对比(在利用one way ANOVA检验的情况下,可用于多组分析,但没有现成流程)可以用于16S或宏基因组分析,也能用于其他组学(如转录组学)两组之间的差异分析分别运用不同算法计算高丰度和低丰度物种,极其符合五种数据的生态学分布情况 LEfSe 目的:主要为寻找与生物学意义关联的Biomarker支持多组分析对所预测的生物标记进行三重检验: 统计学显著性:组间差异生物学稳定性:样本间差异影响能力评估:LDA值评估 STAMP 兼容性广分析内容丰富:多组、两组、两样本:散点、柱形图等图形精美Confidence Intervals 检验