扬州大学，位于江苏省扬州市。是江苏省属重点大学，省部共建高校。学校办学历史最早可以追溯到1902年。实际上是1992年由扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校联合组建扬州大学。
南京医科大学，位于江苏省南京市。是江苏省属重点大学，省部共建高校。学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。
扬州大学是由多所学校合并组建而成，这就造成南京医科大学如果根本扬州大学比规模的话，实在是差距甚远，毕竟多打一谁也受不了。另外扬州大学建校之初获得了当时省内实力高校的优势资源，所以支柱学科建设也非常不错，在国内也有一定的影响力。而南京医科大学依托自己在江苏省内的垄断地位，有依仗着江苏省人口众多，相对病患较多的条件，积累了大量的教学经验和教研积淀，使得自己的实力提升相对较快。但是南京医科大学并没有合并太多学校，而且还分出去了部分资源，所以相对来讲实力有所折扣，跟扬州大学这类综合型大学比，还是有点底气不足。
根据教育部第四轮学科评估结果来看，南京医科大学有1个A类学科，5个B类学科，其中最高评级为A+级，公共卫生与预防医学；扬州大学有1个A类学科，7个B类学科，17个C类学科上榜，其中最高评级为A-级的兽医学。相对来看，南京医科大学的学科建设质量更高一些。
综合来看，扬州大学的实力要略微胜过南京医科大学。
