南京医科大学，位于江苏省南京市。是江苏省属重点大学，省部共建高校。学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。
重庆医科大学，位于直辖市重庆市。是重庆市属重点大学，是省部共建高校。学校创建于1956年，是根据中央部署由上海第一医学院分迁来渝组建上海第一医学院重庆分校，后独立成立重庆医学院。1985年升级为重庆医科大学。2002年，重庆职工医学院、重庆中医学校并入。
重庆医科大学的班底更南京医科大学差距不大，起步阶段也都是本科办学，但是后期的发展来看，南京医科大学更有速度。南京医科大学主要是整合江苏医学资源后留下来的财产，这使得南京医科大学教研丰富，实力强劲。近些年重庆医科大学也大手笔投入，也使得重庆医科大学有了长足的发展，但时间积淀还不够，所以并没有形成特别优势的学科或专业，尤其是在全国范围内都有影响力的学科或专业；而这一点南京医科大学做得非常好。
根据教育部第四轮学科评估结果来看，南京医科大学有1个A类学科，5个B类学科，其中最高评级为A+级，公共卫生与预防医学；而重庆医科大学有4个B类学科，2个C类学科，其中最高评级为B+级的临床医学。
综合来看，南京医科大学的实力要高于重庆医科大学。
