棉花滴水出苗后，由自养转为异养（根系吸收土壤养分）经过18-20天营养生长后，棉花生出完整的第三片真叶后，棉花开始花芽分化。
花芽分化是棉花由营养生长向生殖生长的转变，也是两种生长并进的开始：主分生理生化和形态分化。
棉花苗期日均温度19-20℃，6-7天，能顺利进入花芽分化始期；
第一阶段分化：3叶到6叶时（无蕾时），70%为伏前桃，30%为伏桃。
第二阶段分化：7叶到9叶时（盛蕾时），70%为伏桃，30%为前秋桃。
第三阶段分化：10叶到13叶时，70%为秋桃，30%无用桃。
影响花芽分化的因素：
1、温度：在分化时，要有一定时期低温过程，称为春化作用。
2、光照：光照时间长短也影响花芽分化，分长日照和短日照。
3、激素：人工大量使用高浓度激素也影响花芽分化（芸苔素，赤霉酸，生长素等）。
促进花芽分化的措施有：
1、中耕：提高地温，加速营养生长。
2、补充适量浓度的营养叶面肥和锌，硼肥料，促进棉花营养转化，（棉花营养生长速度决定花芽分化的数量，花芽分化的花原基数决定棉花生长的高度）
3、化调:控制细胞分裂素和生长素的产生，增加脱落酸浓度，增大生殖生长转化。
4、控水：推迟进头水（出苗55-60天进水），平衡NPK养分用量，促进营养生长和生殖生长同步生长。
根据日生长量来确定上肥量，具体情况如下：
1、正常棉田株高在30-35厘米，日生长量在2厘米左右，这样的棉田我们可以根据打顶时间倒推出是否需要上水肥提苗。正常年份打顶时间北疆在7月1日-5日，南疆在7月10日左右，因此北疆还有20-25天的生长时间，机采棉高度一般在75-80厘米，去掉打顶的二叶一心的高度，棉花还需要长50-55厘米。在20-25天这个时间需要让棉花长这样的高度，日生长量需要在2.5-2.75厘米，因此日生长量在2厘米就需要进水了。另外20-25天的时间棉花还要长6-8台果，加上之前的2-3台就是8-11台果，打完顶后棉花一般留果枝7-10台。
正常棉田蕾期到初花需肥大至为尿素6-8公斤，磷肥（一铵）4-5公斤，钾肥2-3公斤，这就是进入花期时需要的用肥量，新疆进入花期的时间一般在6月25日-7月初之间，需要二至三水的时间，因些前三水可将这些氮磷钾肥料分次施入。
2、弱苗升级管理
根据棉花打顶时间倒推来，如果棉花现在还没有现蕾或才刚开始现蕾，株高在10-15厘米，叶片数在5-7片可以认为是弱苗。弱苗需要加大进水频率，每水都要带肥，水量够3-4天用的就可以了，肥料以尿素1-2公斤，二氢钾0.5-1公斤，5天左右一水，如正常棉田10天一水，弱苗可以五天一水。水前化控缩节胺0.5-0.8克，少量使用，且不可不用或用量过大。
3、旺苗管理
很多农户在进头水前棉花还不怎么长，进水后加上这几天温度较高，水肥对棉苗的刺激棉苗长势较猛。有的棉田一天可以长3厘米以上，很多农户看到这样的情况就会加大缩节胺的用量，有人一次打3-4克每亩，这样管理棉花会使叶片变厚，叶片变大，使早现的蕾座不稳。针对这样的棉田，可少量使用缩节胺，使用2-2.5克每亩，延长进水期，水前3天左右及水后4-5天都进行化控。正常棉田化控一次可以管3-4节，旺长的棉田缩节胺只能管到2-3节，有的甚至无效。因此尽量在头水前使用缩节胺化控不让棉花疯长。
旺长的棉田可根据长势不滴肥或少滴肥，滴肥时少用尿素，可用二氢钾0.5公斤或用一铵0.5公斤+钾肥0.5公斤。
棉花花芽分化期，要根据苗情长势，采取合理的管理措施，适量进行营养补充和化调，促进前期花芽分化的发育，增多伏前桃和伏桃比例（达到90%以上），确保棉花早发稳长，达到桃多桃重，高衣分，高产量。
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