南方医科大学，位于广东省广州市。广东省属重点大学。学校前身是创建于1951年的中国人民解放军东北军区军医学校。学校1979年被确定为全国重点大学。8月由军队整体移交广东省，更名为南方医科大学。
汕头大学，位于广东省汕头市。是广东省属重点大学，省部共建高校。学校筹建于1978年，创办于1981年8月26日。1983年汕头医学专科学校并入，成为汕头大学医学院。6月，教育部、广东省人民政府、李嘉诚基金会共建汕头大学。
南方医科大学建校要早于汕头大学几十年，而且军校出身，经历过太多风风雨雨，虽然有停止，但是更多的时候是在发展，所以实力自然不俗，尤其是在经验和积淀方面要比汕头大学更有实力一些。汕头大学获得了大量李嘉诚基金的支持，但是李嘉诚虽然是首富，毕竟是个人，还无法跟国家的资金抗衡，尤其是名牌学校的资金支持，所以虽然汕头大学相对一般学校来讲不差钱，但是跟南方医科大学相比，还是显得不那么富裕。因此南方医科大学的发展速度也并不比汕头大学慢多少，所以两校建校之初的班底实力差距，依旧没有改变。
根据教育部第四轮学科结果来看，汕头大学有9个C类学科，其中最高评级为C+级的数学、生物学、临床医学；南方医科大学7个B类学科，2个C类学科，最高评级为B+级，基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合。由此可见南方医科大学的学科建设更强一些。
综合来看，南方医科大学的实力要高于汕头大学一些。
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