上海交通大学和华中科技大学两所学校都是985工程，世界一流大学建设高校，但是上海交通大学是九校联盟成员，而华中科技大学并不是。两所学校都是通过合并院校，走上综合性大学模式，相对来讲，上海交通大学合并的院校实力更强。
上海交通大学合并了上海第二医科大学；而华中科技大学合并了同济医科大学，两所医学高校实力都比较强，相对来讲，上海第二医科大学略强一些，主要是因为，他在1979年列入了全国重点大学。两所学校各自合并了一个“学院”，华中科技大学合并了武汉城市建设学院；而上海交通大学合并了上海农学院，实事求是的讲，这两所“学院派”实力都不强。
上个世纪五十年代上海交通大学的实力，要比华中科技大学弱一些，这一点是事实。主要是因为，当时上海交通大学是以船舶为主，而当时国内的船舶并非首要发展的行业，所以相对重视不足；而此时的华中科技大学则是以机电为主，相对项目更多一些。进入六十年代之后，上海交通大学划归国防科委，由此开始备受重视，实力大大增强。进入八十年代，宝钢投产，上海市围绕宝钢的上下游工业迅猛发展，上海交通大学由此开始崛起。
上海交通大学和华中科技大学两所学校弱势主要集中在人文社科方面，而且两所学校在这方面专业设置也比较多，如设计、艺术、法学、人文、管理等方面实力都比较弱，相当于专类三流学校的水平。整体来看，上海交通大学的综合实力胜过华中科技大学一些，这主要是因为上海交通大学获得项目更多，而且优势学科和专业也更多，自然实力也要更强一些。
